4.3 测试cellranger 软件流程是否安装成功 # 需花费数十分钟 cellranger testrun --id=check # 最后一行输出以下语句表示成功 # Pipestance completed successfully! 在这里插入图片描述编辑于 2024-04-13 10:58・IP 属地广东 内容所属专栏 单细胞分析合辑 单细胞scRNA-seq、单细胞空间转录组分析方法 订阅专栏 ...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基...
Cell Ranger 是 10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件,直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。所以Cell Ranger能做的分析有很多,我们今天主要学一下Cell Ranger的安装以及对单细胞RNA-Seq数据的定量。 Cell Ranger的官网:https://support.10xgenomics.com/single-cell...
vi index.sh~/cellranger-7.0.1/cellranger mkref--genome=dmel656 \ #参考基因组叫什么名字--fasta=dmel-dmel-all-chromosome-r6.56.fasta \ #DNA文件--genes=dmel-all-r6.56.gtf \ #注释文件--ref-version=6.56#版本号#注意:果蝇基因组中mod(mdg4)的存在会干扰建库,可以用python将含有该字符的一行删除...
细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 ...
cellranger count--id=FCA30_Male_MalpighianTubule_adult_5d_Perrimon_sample1#这个是输出文件存放的位置--transcriptome=refdata-cellranger-dmel656 \#如果总是说路径不对,从建index时说你succeed时下面那行直接复制过来就不会有问题--fastqs=/home3/yangx/workspace/single-cell/Fly_Cell_Atlas_2020_S_DATA\...
Cell Ranger是处理10x Genomics Chromium scRNAseq数据的默认工具。它使用STAR对准器,该对基因组的读取进行剪接感知比对。在此之后,它使用转录本注释GTF将读段分为外显子,内渗子和基因间,以及读段是否(自信地)与基因组对齐。如果读数...
比对基因组序列是有很多工具的,当然这个是用于RNA-seq的,我的例子给的是scRNA-seq,应当使用10X自己的cellranger来处理,然后导入scanpy分析。此处只列举STAR,至于HISAT2, TopHat暂不考虑。 首先是安装STAR这个分析软件: sudo apt-get install g++ make # 确保已安装C++编译器(如g++)和Make工具 wget https://githu...
2️⃣ 典型的scRNA-seq的workflow包括以下几个步骤:👇 将cDNAmapping到reference上; 计算基因reads; 计算细胞reads(用到cell barcode); 计算的RNA数量(UMI去重)。 5具体步骤 5.1 Read Mapping 处理10x Genomics Chromium scRNAseq数据,我们通常要用到Cell Ranger,具体原理我们在这里就不做具体介绍了,大家有兴趣...
Cell Ranger是处理10x Genomics Chromium scRNAseq数据的默认工具。它使用STAR对准器,该对基因组的读取进行剪接感知比对。在此之后,它使用转录本注释GTF将读段分为外显子,内渗子和基因间,以及读段是否(自信地)与基因组对齐。如果读数至少有50%与外显子相交,则读取为外显子,如果读数为非外显子且与内含子相交,则...