2024年3月7日,E. W. Green等科学家在Nature Biotechnology杂志上发表了一篇名为“Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for personalized T cell therapy”的文章,本文结合了高通量TCR克隆和反应性验证来预测TCR,这是一种机器学习分类器,基于单个TIL RNA测序,以抗原不可知的方式识...
最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)目前已成功用于破译GC的微环境。 在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望能有助于胃癌TME和生物学特征的研究。 二、研究内容和结果 1. 构建GC微环境的...
最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)目前已成功用于破译GC的微环境。 在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水平上测量基因表达,并揭示单个细胞或同源细胞类型中基因表达的异质性。 方法 1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental pat...
今天和大家分享一篇于2022年8月在Nature Communications上发表的文章"scRNA-seq of gastric tumor shows complex intercellular interaction with an alternative T cell exhaustion trajectory"。胃癌中的肿瘤微环境已被证明对肿瘤控制很重要,但胃癌的具体特征尚未得到充分认识。先前许多研究表明原发性和转移性胃腺癌具有转录...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。
前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中，有望在该领域找到新的突破点。近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-...
Figure 3 IRG scores of PBMC cell clusters in AD. 3、对AD患者大脑的BulK-seq数据进行差异基因分析---DEGs of AD Brain From Bulk Sequencing Data BulK-seq数据数据集GSE33000,包括310例AD患者和157例对照组。 基于BulK-seq数据集以探索AD脑组织中的DEGs。在AD大脑中5,339 up and 5542 down-regulated DEG...
(n=length(unique(sce@meta.data$seurat_clusters)))#获取亚群个数celltype=data.frame(ClusterID=0:(n-1),celltype='unkown')#构建数据框## 判断亚群ID属于那类细胞celltype[celltype$ClusterID%in%c(0,2,4,6),2]='T'celltype[celltype$ClusterID%in%c(3),2]='B'celltype[celltype$ClusterID%in%c...
cell_metadata <- data.frame(cellid,type='10x',batch_set_id=paste0('test_',cellid),amp_batch_id=paste0('test_',cellid),seq_batch_id=paste0('test_',cellid), spike_count=0,row.names=1) #创建需要的矩阵对象 mat <- scm_new_matrix(matrix, cellmeta, stat_type = "umi") ...