目前识别肿瘤反应性TCR的方法是分析肿瘤突变,以预测T细胞激活(neo)抗原,并使用这些方法来富集肿瘤膨胀淋巴细胞(TIL)培养物或验证单个TCR用于转基因自体治疗。 2024年3月7日,E. W. Green等科学家在Nature Biotechnology杂志上发表了一篇名为“Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for...
技术:scRNA-seq 导读 T大颗粒淋巴细胞白血病(T-LGLL)是一种对免疫抑制疗法有反应的淋巴增生性疾病和骨髓衰竭综合症。本文对13名患者的CD3+T细胞(在阿仑单抗治疗前后取样)进行了单细胞TCR和RNA测序分析。效应记忆T细胞和TCR多样性的丧失在T-LGLL中普遍存在的。不存在共有的TCRA和TCRB克隆型。细胞存活和凋亡基因程序...
利用GSEA来探索T-LGLL的变化,发现患者上调的基因在免疫应答和有关细胞存活的信号通路和细胞增殖中高度富集,而T-LGLL中表达较低的基因在细胞凋亡途径中富集。使用RT-qPCR在患者中测量了JAK-STAT途径中84个基因的表达,这些基因在T-LGLL患者中被激活,并且scRNA-seq和q...
利用GSEA来探索T-LGLL的变化,发现患者上调的基因在免疫应答和有关细胞存活的信号通路和细胞增殖中高度富集,而T-LGLL中表达较低的基因在细胞凋亡途径中富集。使用RT-qPCR在患者中测量了JAK-STAT途径中84个基因的表达,这些基因在T-LGLL患者中被激活,并且scRNA-seq和qPCR的结果显示出良好的相关性。尽管Fas和FasL在患者...
进一步通过 scRNA-seq 分析,研究者发现 Osr2 在 MC38-OVA 肿瘤小鼠模型中的肿瘤浸润性淋巴细胞(TILs)中特异性富集,特别是在表达 PD-1+和 TIM-3+的晚期 TEX亚群中,并且研究者使用 NetBID 算法对公开的 RNA-seq 数据集进行分析,确认了 Osr2 在...
scRNAseq免疫细胞注释: 免疫细胞注释-1:T细胞 免疫细胞注释-2:髓系细胞 免疫细胞注释-3:B细胞 PBMC中淋巴细胞约占70～90%,在PBMC中占多数的淋巴细胞中,约70～85%为CD3+T细胞(占PBMC的比例约45～70%),5～20%为B细胞(占PBMC的比例约15%),5～20%为NK细胞(占PBMC的比例约15%)。
为了获得COVID-19高特异性T细胞簇的功能信息,研究者对来自两个独立队列的样本进行单细胞转录组学研究(single-cell RNA-seq,scRNA-seq),并与CyTOF分析结果相匹配,结果显示新冠重症患者主要激活了CD16+T细胞亚群,且促进脱颗粒和发挥细胞毒性功能的相关基因转录水平增加。
scRNA-seq 是单细胞测序技术,这个技术测量单细胞的表达谱,有利于对细胞进行分类 TCR-seq 对T细胞有特有的TCR区域进行测序可以追踪T细胞的来源,也就是克隆情况,正常情况下,每个T细胞的TCR都是不一样的,但是在外界刺激的情况下,某些T细胞会选择性扩增,这个时候克隆产生的T细胞的TCR就是一样的。
为了获得COVID-19高特异性T细胞簇的功能信息,研究者对来自两个独立队列的样本进行单细胞转录组学研究 (single-cell RNA-seq,scRNA-seq),并与CyTOF分析结果相匹配,结果显示新冠重症患者主要激活了CD16+ T细胞亚群,且促进脱颗粒和发挥细胞毒性功能的相关基因转录水平增加。
流式细胞术和 CyTOF 分析也证实了 scRNA-seq 数据,即未受累者中存在 CD1c+ CD5+ DC。接着,作者利用 TCGA 数据评估了 CD5 的预后作用,分析表明 CD5 表达和 CD5+ DC 特征与黑色素瘤、肺鳞状细胞癌、肉瘤、乳腺癌、宫颈鳞状细胞癌以及宫颈内腺癌等肿瘤的预后改善正相关。