从scRNA-seq数据中进一步分析了B细胞中上述差异表达的基因,随着疾病的进展,KIR3DL2、QPCT和PPP2R2B在B细胞中的表达量越来越多地超过正常基线,而随着疾病的发展,SPG20、FRAT2和WWC3的表达从正常基线下降。 图7. 特定基因的鉴定和验证 8. 随着AD的进展,每个细胞亚群中特定基因的表达 在AD的早期和晚期,KIR3DL2...
接下来作者将scRNA-seq获得的簇映射到这些区域,尽管表征杯状细胞 (GB)、MF/SM、ICC、FL-ICC、EEC 和 E2 的基因特征几乎完全排除在损伤和重塑区域之外(Fig. S5B),但表征 EMT、E1 和 ISC 以及、Telocytes、Trophocytes、Bmp5基质细胞 (SC) 和 Pdgfra SC 的基因特征主要存在于这些区域(图 5C)。使用SingleCel...
接下来作者将scRNA-seq获得的簇映射到这些区域,尽管表征杯状细胞 (GB)、MF/SM、ICC、FL-ICC、EEC 和 E2 的基因特征几乎完全排除在损伤和重塑区域之外(Fig. S5B),但表征 EMT、E1 和 ISC 以及、Telocytes、Trophocytes、Bmp5+基质细胞 (SC) 和 Pdgfra SC 的基因特征主要存在于这些区域(图 5C)。使用SingleC...
B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)是一种以B淋巴细胞祖细胞异常增殖和聚集为特征的克隆性造血疾病。虽然该疾病患者大多可以用化疗进行治疗,但易复发且化疗毒性大,患者5年内生存率为30%。最近,基于免疫的疗法,如嵌合抗原受体T细胞疗法在白血病...
2022年12月2日,来自瑞典卡罗林斯卡学院的Eduardo J. Villablanca研究团队在期刊Immunity上发表了题为B cell expansion hinders the stroma-epithelium regenerative cross talk during mucosal healing的文章,研究人员运用scRNA-seq结合空间转录组学检测了肠道损伤和再生过程中的免疫细胞组成,揭示了B细胞在IBD和粘膜愈合(MH...
尽管与各自的对照相比,在Havcr1BKO肿瘤、dLN和ndLN中B细胞的总频率没有差异,但来自dLN的Havcr1BKO B细胞的scRNA-seq谱对l型和ll型干扰素的应答特征表达更高(图3a-c)。l型干扰素是B细胞稳态和应答的关键调节因子,并在B细胞中增强BCR驱动的激活、共刺激和抗原...
文章主要对结肠癌进行scRNA-Seq进行分析。针对结肠癌中B细胞的类型的研究。得到五种B细胞亚群,整体论述B细胞确定各个亚群的具体功能,确定一组细胞群体(CIC D)大概率为IgG浆细胞,其在结肠癌中作为主要影响的细胞群体,并通过拟时序,转录因子,细胞通讯等方法详细的探究其主要的通路和基因(CXCL13-CXCR5和CCL28-CCR10等...
为了进一步研究在缺乏YTHDF2的情况下早期反应的B细胞的细胞命运,进行了scRNA-seq分析,共有11227个细胞显示了类似于图1中描述的集群(Figure 5D)。然而,尽管Ythdf2缺陷的B细胞分化为pre-GC和eMBC亚群,但它们形成的早期GC B细胞明显较少(Figure 5E)。与转录组结果一致,发现响应的Ythdf2缺陷B细胞形成了相对更多的PC...
然后，研究人员评估了这些空间衍生的MacroSigs是否可以有效区分由单细胞RNA-Seq数据得到的巨噬细胞亚型。研究人员利用了MoMac-VERSE33整合数据集，这是目前最大的人类单核细胞和巨噬细胞分析数据集，其中包含来自41个scRNA-seq数据集注释的17个单核细胞/巨噬细胞亚型，涵盖13个健康和病理组织。研究人员将MacroSigs的前...
该研究利用scRNA-seq等技术探索了Bach1(一种抑制抗氧化基因的转录因子)在宿主对结核分枝杆菌(结核病的病原体,Mycobacterium tuberculosis,Mtb)抗性中的作用,发现Bach1高表达与人类活动性肺结核有关。 ② 在感染Mtb的Bach1-/-小鼠中观察到谷胱甘肽水平和Gpx4表达增加,可防止脂质过氧化。Bach1-/-小鼠的巨噬细胞对Mtb...