随着疾病的进展,实验揭示了18个特异性上调的基因和7个特异性下调的B细胞基因,其中几个基因表现出与AD密切的相关性。 主要内容 1. scRNA-seq分析PBMC群体的异质性 MRI扫描显示,与正常个体相比,晚期AD患者的脑萎缩和心室扩张。对AD患者的PBMC进行scRNA-seq,发现来自AD晚期患者的样本LA2中鉴定出的基因比其他样本更多...
Wang X , Chen Y , Li Z , et al. Single-Cell RNA-Seq of T Cells in B-ALL Patients Reveals an Exhausted Subset with Remarkable Heterogeneity[J]. Advanced Science, 2021. - THE END - 新格元秉持“格物致知,识微通元”...
label = TRUE, sort.cell = TRUE, min.cutoff = 'q10', repel = TRUE ) 由于标记物列表中同时显示出了原始状态和激活状态的标记物,这对可视化表达很有帮助。根据这些图,似乎0和2号细胞群是可靠的非激活T细胞。然而,对于被激活的T细胞来说,很难说清楚。我们可以说,细胞群4和18是激活的T细胞,但CD69的表达并...
3.配对的scRNA-Seq和scIg-Seq揭示与急性炎症和鞘内Ig合成相关的克隆扩增、体细胞高频突变的IgM和IgG1 CSF B细胞 研究者利用5'scRNA-Seq数据库对RRMS受试者的成对CSF和外周血进行scIg-Seq全长分析,发现CSF和外周血的IgG1 + B细胞比例较高,而CSF中IgG1 +和IgM + B细胞比例大致相同(图4A)。大规模RNA-Seq数...
(B)CellRanger鉴定的样本数据汇总。 (C) 样本的UMAP的细胞簇。 (D) 细胞类型。 (E) 细胞簇中典型标记基因的表达模式。 (2)猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化 图2:样本AF75和AF76之间的视觉差异。 (A) UMAP图显示AF75(上)和AF76(下)中与卵泡闭锁和降解相关的基因表达,颜色深度与表达水平呈正相关。
(B)CellRanger鉴定的样本数据汇总。 (C) 样本的UMAP的细胞簇。 (D) 细胞类型。 (E) 细胞簇中典型标记基因的表达模式。 (2)猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化 图2:样本AF75和AF76之间的视觉差异。 (A) UMAP图显示AF75(上)和AF76(下)中与卵泡闭锁和降解相关的基因表达,颜色深度与表达水平呈正相关。
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
图1:猪窦卵泡中体细胞的细胞聚集。 (A) 猪窦卵泡细胞的收集、制备和测序步骤。 (B)CellRanger鉴定的样本数据汇总。 (C) 样本的UMAP的细胞簇。 (D) 细胞类型。 (E) 细胞簇中典型标记基因的表达模式。 (2)猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化 图2:样本AF75和AF76之间的视觉差异。 (A) UMAP图显示AF75(上)和AF...
(n=length(unique(sce@meta.data$seurat_clusters)))#获取亚群个数celltype=data.frame(ClusterID=0:(n-1),celltype='unkown')#构建数据框## 判断亚群ID属于那类细胞celltype[celltype$ClusterID%in%c(0,2,4,6),2]='T'celltype[celltype$ClusterID%in%c(3),2]='B'celltype[celltype$ClusterID%in%c...
单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)对组织中的细胞进行独立分析,在细胞图谱构建、细胞亚群细化及稀有细胞类型鉴定、疾病标志性致病基因及干细胞发育分化等过程中发挥重要作用。单细胞转录组学在人类健康方面主要涉及发育研究、免疫系统研究和肿瘤的研究。