scRNA-seq的深度相对较浅,无法直接检查与CLE有关的许多细胞因子的转录本水平,特别是IFN。为了研究细胞因子反应是否驱动了CLE中疾病的KC亚聚集,使用小组先前开发的细胞因子反应特征,这些特征包含通过一组细胞因子[IFN-α,IFN-γ,肿瘤坏死因子(TNF),白细胞介素-17A(IL-17A),IL-1B,IL-36,IL-4,IL-13或IL-17A和...
scRNA-seq的深度相对较浅,无法直接检查与CLE有关的许多细胞因子的转录本水平,特别是IFN。为了研究细胞因子反应是否驱动了CLE中疾病的KC亚聚集,使用小组先前开发的细胞因子反应特征,这些特征包含通过一组细胞因子[IFN-α,IFN-γ,肿瘤坏死因子(TNF),白细胞介素-17A(IL-17A),IL-1B,IL-36,IL-4,IL-13或IL-17A和...
作者整合了五种不同自身免疫性疾病(IgA 肾病 [IgAN]、川崎病 [KD]、多发性硬化症 [MS]、干燥综合征 [SS] 和系统性红斑狼疮 [SLE])的外周血细胞的scRNA-seq 数据,所有样本均包含 18 种不同的免疫细胞亚群。【HC代表healthy controls】 细胞间通讯网络分析显示,NK 和 NK-T 细胞的信号在 SS 患者中增强,但...
A similar analysis was applied to a systemic lupus erythematosus (SLE) dataset, with scRNA-Seq data of the PBMC cells of 261 patients; some patients had multiple samples resulting in total 336 samples [31]. Again, our GloScope representation clearly shows that there are distinct patterns among...
scRNA-seq的深度相对较浅,无法直接检查与CLE有关的许多细胞因子的转录本水平,特别是IFN。为了研究细胞因子反应是否驱动了CLE中疾病的KC亚聚集,使用小组先前开发的细胞因子反应特征,这些特征包含通过一组细胞因子[IFN-α,IFN-γ,肿瘤坏死因子(TNF),白细胞介素-17A(IL-17A),IL-1B,IL-36,IL-4,IL-13或IL-17A和...
整个主动脉中的主要细胞类型是众所周知的,它们的异质性对于主动脉壁功能至关重要。但目前对健康和 HFD 主动脉中不同血管细胞的异质性知之甚少。本文使用 scRNA-seq 研究了健康和患病小鼠升主动脉壁内的细胞异质性和多种功能状态,帮助更好地了解 HFD 诱导的肥胖中主动脉疾病的病因和进展。
在这项工作中,作者开发了一种新的两步法来自动标记含有新细胞的scRNA-seq数据。称之为使用基于机器学习的方法对未知细胞的存在进行细胞注释(CAMLU)。在第一步,CAMLU使用自动编码器和迭代特征选择的组合来区分已知细胞类型和新的细胞类型。这样的目的是,用训练数据训练自动编码器后,自动编码器将包含所有已知细胞类型的...
对monocyte-derived cells (MdC)主要注释出3大类亚型,分别包括monocytes/macrophages(Mon/Mψ),dendritic cells(DCs) and lymphocytes (T, B and NK cells) 其中Mon/Mψ根据不同亚群的marker注释得到不同表型的子类,并结合monecle轨迹分析推测其分化发育关系。
某些循环细胞亚群与HIV-1和TB合并感染的免疫失调有关,但其中的机制不清楚。本文将 scRNA-seq 应用于来自单独 HIV-1 和 HIV-1-TB 合并感染个体的PBMC,描绘了 HIV-1-TB 合并感染中免疫 PBMC 亚群的图谱,并证明外周血中的单核细胞亚群可作为诊断 HIV-1-TB 合并感染的生物标志物。
Of note, specifically expressed genes in cancer cells of different BC subtypes lead to different clinical phenotypes [12–14], which may explain the heterogeneity among different BC subtypes. However, most of the previous studies on BC prognosis-related biomarker mining are based on bulk RNA-seq ...