4.2 10X Barcode(Cell barcode)的作用? 10X Barcode(Cell barcode)是10X数据特有的,用来区分GEMs,可对细胞做了一个标记。 4.3 UMI的作用? 在scRNA测序中需要进行PCR扩增, 一些转录本会被扩增多次,超过了其真实的表达量。当起始文库DNA量很小时,在进行多次PCR扩增中,引入的误差会随着扩增次数的增加而增加。 UMI ...
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如...
计算细胞reads(用到cell barcode); 计算的RNA数量(UMI去重)。 5具体步骤 5.1 Read Mapping 处理10x Genomics Chromium scRNAseq数据,我们通常要用到Cell Ranger,具体原理我们在这里就不做具体介绍了,大家有兴趣去google一下吧。😂 这里只介绍一下外显子(exon)的定义,即reads比对到外显子的50%以上,就可以定义为...
所以Cell Ranger能做的分析有很多,我们今天主要学一下Cell Ranger的安装以及对单细胞RNA-Seq数据的定量。 Cell Ranger的官网:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/what-is-cell-ranger 一、下载与安装 1. 首先进入Cell Ranger官网,点击对下方的Download Link链接 如...
“scRNA-seq”到底有多少方法? 1、单细胞转录组建库方法分类 目前单细胞转录组的建库方法基本可以按照技术方案分为两类: 1)一类依赖于孔板 通俗的说,就是将已经解离的单个细胞分配到孔板中各自的孔中,在孔中单个细胞完成裂解、RNA富集、加细胞条码( cell barcode )和单分子识别码(UMI)等步骤后再收集到一起进行...
单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)对组织中的细胞进行独立分析,在细胞图谱构建、细胞亚群细化及稀有细胞类型鉴定、疾病标志性致病基因及干细胞发育分化等过程中发挥重要作用。单细胞转录组学在人类健康方面主要涉及发育研究、免疫系统研究和肿瘤的研究。
为了解决这个问题,cell barcodes会标记上一段随机核苷酸序列(UMI),而这个UMI是唯一的。 在读取count时,将UMI纳入,从而更准确的计算转录本的丰度。🤫 Protocol overview of 3’ libraries using the10X Chromiumprotocol. 2.4 选3' 还是5' tag 这个可能要根据大家具体的实验目的来进行选择,常用的就是3’的方法。
典型的scRNA-seq工作流程包含四个主要步骤: 将cDNA片段比对到参考基因组; 将read分配给基因; 将read分配给细胞(细胞barcode分离); 计算独特RNA分子的数量(UMI去重复)。 该过程的结果是基因/细胞计数矩阵,用于估计每个基因在每个细胞中的RNA分子数量。 2.3.2 Cell Ranger中的read比对 ...
1.1.5. scRNA-seq的技术挑战 Single Cell的问题:细胞与细胞之间有很强的异质性。 只有一个细胞,初始数据量就小,噪音就大。 RNA捕获效率不稳定,文库制备的随机丢失会制造技术噪音。 随机基因表达,不同的细胞状态细胞大小细胞周期会产生生物噪音。 批次效应使高通量的实验数据存在系统误差。
2020年法国科学家 Rainer Waldmann 将他们课题组研发的 ScNaUmi-seq 技术发表在 Nature Communications 上。他们采用“二+三”的方式进行单细胞全长转录组的建库测序和分析。采用“二+三”的方式的主要目的是为了用二代测序得到的较为准确的 cell barcode 和...