早期的scATAC-seq测序通量很低,而现在的scATAC-seq (常用的是10x) 能够达到很高的通量。 早期scATAC-seq技术 scATAC-seq的技术原理最早见于2015的Shendure实验室在《Science》发表的文章《Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing》和Greenleaf实验室在《Nature》发表的...
scATAC-seq的原理基于转座酶介导的核心染色质测序。在该技术中,细胞的染色质首先被处理成单细胞核提取物。随后,通过转座酶将TC标记的修饰 DNA序列插入到开放的染色质区域。接下来利用PCR扩增这些DNA序列,然后进行测序分析,即可获得开放性染色质的信息。由于该技术是在单个细胞水平上进行的,因此可以获得不同细胞之间染色...
在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间的染色质可及性差异和功能差异。 技术原理 单细胞ATAC-seq 技术原理...
要了解scatacseq首先我们要知道什么是atacseqatacseqassayfortransposaseaccessiblechromatinwithhighthroughputsequencing是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术通俗来说就是基于染色质可及性的特点将携带测序信息的tn5转座酶插入染色质中由于转座酶只能剪切染色质开放区域并标记dna序列再进行高通量测序就能获得相关基因...
图1 ATAC-seq的peak calling原理 单细胞ATAC数据的peak calling也是使用每个片段的末端表示开放染色质区域,然后分析这些组合片段信号,设置401bp的滑动窗口在基因组上进行滑窗,得到每个基因组位置上的信号,这些信号就代表了每个细胞中该位置周围窗口内转座酶切割位点的总数,从而推定具有调控和功能的染色质开放区域。
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息学绘制转...
目前市面上现有的单细胞表观组（scATAC-seq）试剂盒，采用单独设计的 barcode 序列，构建的文库不能和单细胞转录组文库、普通二代测序文库等混样测序。因此在测序的时效性、自由度上都较低，且受样本量的限制，只能在低通量的 illumina 测序平台上测序，成本大大提高。这导致单细胞表观组的使用和应用推广门槛都较...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。