通过scATAC-seq数据,研究人员可以根据开放染色质上顺式调控元件的基因活性评分来推断特定细胞中转录因子的表达。推定的转录因子结合位点的可接近性可作为转录因子表达数据的补充,以建立细胞类型特异性的调控网络。斯坦福大学的研究人员在上文提到的混合表型急性白血病研究中,利用这种方法及其scATAC-seq数据,将启动子可接近性...
而 scATAC-seq 则借助转座酶 Tn5,剑指整个开放染色质区域,这片区域在细胞基因组中占比 1% - 2%,大小约 3000 - 6000 万个碱基对。 不过,这两种技术在探索基因组的征程中都面临着诸多阻碍,数据稀疏和采样受限的问题尤为突出,而 scATAC-seq 更是深受其扰。scATAC-seq 中的染色质可及性 “峰”,作为数据解读...
cisTopic,用于分析和注释scATAC-seq的结果,一般来说,scATAC测量的是单个细胞中染色质开放的程度 对于scATAC的分析有三种类型,第一种是直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域(行为peak的位置信息;列为cells);第二种是将基因组按照window/bin等长划分,比如按照500bp来划分(1-500bp,501-1000bp,100...
摘要 随着测序技术的发展,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)与单细胞染色质可及性测序(single-cell assay for transposase-accessi...展开更多 With the advancement of sequencing technologies,the advent of scRNA-seq(single-cell RNA sequencing)and scATAC-seq(single-cell assay for ...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。