直接使用数据库中的DNase-Seq和ChIP-Seq的Peak,例如:cisTopic; 使用整套数据集上的所有Read进行Peak Calling,例如:CellRanger和Cicero; 使用一个细胞系(Cell Line)上所有的Read进行Peak Calling,例如:chromVAR; 使用一个细胞类型(Cell Type)下的所有Read,例如:snapATAC; 两阶段方法,即先用其他注释(例如:Bin)得到Feat...
点击Send to,选择File,Format选择Accession List,点击Create File,下载自己要下载的SRR号列表 image.png cat SRR_Acc_List_scATAC.txt |while read id;do (prefetch -X 100G $id &);done #后台下载 参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/563699865 SRR转fastq # 单样本 nohup fasterq-dump --split-3 SRR6...
["ACTIVITY"]]<-CreateAssayObject(counts=activity.matrix)meta<-read.table("data/atac_v1_pbmc_10k_singlecell.csv",sep=",",header=TRUE,row.names=1,stringsAsFactors=FALSE)meta<-meta[colnames(pbmc.atac),]pbmc.atac<-AddMetaData(pbmc.atac,metadata=meta)#质控,过滤掉scATAC-seq数据中总数少于5K的...