即对下机数据base calling files转为fastq文件。 下载示例数据(233MB) # 下载Illumina® BCL的测序文件,大小为233MBwget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-atac/cellranger-atac-tiny-bcl-1.0.0.tar.gz# 下载样本注释文件,也可以自己手动创造,见下文格式wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-atac...
5.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法,其特征在于,所述步骤B1以测序得到的原始的fastq格式文件为输入文件进行原始数据预处理,将fastq文件的序列使用Bowtie2比对到hg38上,Bowtie2的预备设计参数为very-sensitive,比对完成后获得bam文件。 6.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...