scATAC-seq数据用于分析单细胞分辨率的染色质可及性,并与转录因子结合位点数据(来自ReMap2022数据库)、ENCODE联合体注释的候选顺式调控元件(CCRE)以及scRNA-seq数据进行联合分析,以确定TET2 LOF对转录因子结合和基因表达的影响。此外,作者还使用scRNA-seq数据进行了进化轨迹分析,以注释正常人类和小鼠造血过程中MALAT1的表...
scATAC在细胞发育与分化的应用(Jia G et al,2018) 研究人员使用单细胞 RNA 测序和转座酶可及染色质分析 (ATAC-seq) 全面表征了从 E7.5 到 E9.5 的由 Nkx2-5 和 Isl1 表达标记的小鼠心脏祖细胞 (CPC)。通过利用细胞间转录组和染色质可及性异质性,研究人员确定了不同的以前未知的心脏亚群。发育轨迹的构建...
此外,ATAC-seq的数据表明,记忆样T细胞簇中TCR效应基因的可接近性增加,说明这些细胞已启动对TCR的应答。欢迎查阅这篇《单细胞测序深化免疫肿瘤学研究》,了解scRNA-seq和scATAC-seq联合使用如何提供强大的多组学分辨率,以帮助研究免疫检查点调控。 推断发育轨迹和鉴定调控元件 scATAC-seq还能够对发育轨迹进行计算推断。染色...
scATAC-seq技术的发展 作为原始的bulk ATAC-seq,我们知道其只能解释组织样本的染色质开放性特征,然而对于生命科学领域的许多研究涉及到细胞分化的重要问题,也就是我们希望通过单细胞维度研究由一种细胞类型转变为另一种细胞类型的过程当中,染色质开放性的变化规律,从而研究转录因子在细胞类型转变过程中发挥的作用。 scATAC...
单细胞测序技术一直是讨论热度极高的话题,除了单细胞转录组测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq)也逐渐引起科研人员的注意,使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基...
前言 cisTopic,用于分析和注释scATAC-seq的结果,一般来说,scATAC测量的是单个细胞中染色质开放的程度 对于scATAC的分析有三种类型,第一种是直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域(行为peak的位置信息;列为cells);第二种是将基因组按照window/bin等长划分,比如按照500bp来划分(1-500bp,501-1000...
不过,这两种技术在探索基因组的征程中都面临着诸多阻碍,数据稀疏和采样受限的问题尤为突出,而 scATAC-seq 更是深受其扰。scATAC-seq 中的染色质可及性 “峰”,作为数据解读的关键指标,其定义却充满了主观性,这使得不同研究间的数据难以进行有效的比较和整合。这些 “峰” 本质上是测序读数相较于背景水平出现富集...
目前市面上现有的单细胞表观组（scATAC-seq）试剂盒，采用单独设计的 barcode 序列，构建的文库不能和单细胞转录组文库、普通二代测序文库等混样测序。因此在测序的时效性、自由度上都较低，且受样本量的限制，只能在低通量的 illumina 测序平台上测序，成本大大提高。这导致单细胞表观组的使用和应用推广门槛都较...
scATAC-seq )和基因表达( scRNA-seq )的技术,为计算方法的发展提供了新的机遇。这些方法将增强子与基因联系起来,推断基因调控网络,并基于 染色质势能 的概念解析发育轨迹。染色质势能理论认为,在细胞分化过程中,基因位点的可及性先于基因表达。染色质可及性的研究把基因组和转录组学连接起来。
可先通过scRNA-seq方法聚焦到关键细胞类型,后续再通过scATAC-seq+scRNA-seq多组学方法研究关键细胞类型背后的调控机制;此外,可结合10x Visium、smFISH等技术,了解关键细胞类型在组织中的位置信息,深度解析疾病发展进程或发育过程的动态变化;也可结合数据库中数据(如GEO数据库)或已有研究中scRNA-seq或bulk RNA数据进行...