scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),用于处理各种测序数据格式。 研究团队对8种不同的scATAC-se...
早期的scATAC-seq测序通量很低,而现在的scATAC-seq (常用的是10x) 能够达到很高的通量。 早期scATAC-seq技术 scATAC-seq的技术原理最早见于2015的Shendure实验室在《Science》发表的文章《Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing》和Greenleaf实验室在《Nature》发表的...
通过比较具有这些mtDNA变异的细胞与没有这些变异的细胞,揭示了两群细胞不同的开放染色质状态,并识别与这些mtDNA变异相关的潜在基因,包括转录因子KLF15和NRF1。 综上所述,这项研究通过开发和应用C4_mtscATAC-seq技术,不仅增进了我们对衰老过...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)技术是一种用于探究单个细胞内转座酶可接近性染色质的测序方法,它为理解基因调控机制与表观遗传异质性提供了前所未有的单细胞分辨率。 虽然scATAC-seq 数据蕴含丰富的生物学信息,但由于其高维度(大量开放染色质峰)和极端稀疏性(每个细胞仅有一小部分峰有读数),使得从这些数据中准确地识别...
达普生物正式发布星海单细胞表观组测序建库试剂盒,该产品是全球首款兼容文库混样测序单细胞表观组(scATAC-seq)商业化试剂盒,由达普公司技术团体全程自主设计,自主研发! 单细胞表观基因组学能从单细胞全基因组水平全面且无偏倚的表征肿瘤病理学,干细胞微环境和细胞异质性。为疾病机制探究提供新视角。近年来,这项技术...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。
当前scATAC-seq技术仍然处于发展中的阶段,尤其是空间表观组还处于萌芽阶段。与bulk ATAC-seq相比,scATAC-seq对于开放染色质区域的捕获能力仍然是不足的,另外在scATAC-seq的细胞类型定义当中,往往需要借助scRNA-seq的数据进行辅助,也是scATAC-seq分析中的一个难点。接下来,我们将介绍scATAC-seq的常用分析方法。
深圳智预生命科技有限公司 服务名称: 单细胞ATAC-Seq技术服务 scATAC-seq是单细胞表观遗传学研究的重要方法,研究的是染色质可接近性。染色质可接近性是DNA转录成RNA的前提,因而是研究单细胞水平细胞间差异的一扇重要的窗口。染色质可接近性的信息有助于我们对细胞进行分类,以及构建细胞在分化路径上的假时序过程。上...
单细胞水平识别染色质开放区域一站式技术服务scATAC-Seq 简介单细胞ATAC-Seq(scATAC)基于转座酶介导的测序引物插入开放的染色质区域。像普通的ATAC-Seq一样,该测定法提供了染色质开放和可及区域的轮廓,这些轮廓指示了单细胞分辨率下的活跃调控区域。我们的scATAC-Seq服务可以同时检测数千个细胞的全基因组染色质可及性...