在此之前,scRNA-seq需要将cDNA酶切至合适的片段长度,而scATAC-seq的片段不进行打碎,接上Sample index和P7序列后进行扩增。 最后上机测序。scRNAseq如果是3‘单端测序,Read2读取最近的100bp读长,而Read1只读取16bp的细胞barcode序列和10bp的UMI序列,共26bp。scATAC-seq则用双末端测序,读长一般不低于45bp[3]。 s...
scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),用于处理各种测序数据格式。 研究团队对8种不同的scATAC-se...
早期的scATAC-seq测序通量很低,而现在的scATAC-seq (常用的是10x) 能够达到很高的通量。 早期scATAC-seq技术 scATAC-seq的技术原理最早见于2015的Shendure实验室在《Science》发表的文章《Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing》和Greenleaf实验室在《Nature》发表的...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...
达普生物正式发布星海单细胞表观组测序建库试剂盒,该产品是全球首款兼容文库混样测序单细胞表观组(scATAC-seq)商业化试剂盒,由达普公司技术团体全程自主设计,自主研发! 单细胞表观基因组学能从单细胞全基因组水平全面且无偏倚的表征肿瘤病理学,干细胞微环境和细胞异质性。为疾病机制探究提供新视角。近年来,这项技术...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
该论文提出了一种新的单细胞线粒体测序技术——C4_mtscATAC-seq。这项技术不仅能够在单细胞水平捕获染色体开放区域(scATAC),还能获取同一细胞的线粒体测序数据,对于探究单个细胞中线粒体的异质性及其与核基因信息交流具有重大意义。 DNBelab...
服务名称: 单细胞ATAC-Seq技术服务 scATAC-seq是单细胞表观遗传学研究的重要方法,研究的是染色质可接近性。染色质可接近性是DNA转录成RNA的前提,因而是研究单细胞水平细胞间差异的一扇重要的窗口。染色质可接近性的信息有助于我们对细胞进行分类,以及构建细胞在分化路径上的假时序过程。上...
当前scATAC-seq技术仍然处于发展中的阶段,尤其是空间表观组还处于萌芽阶段。与bulk ATAC-seq相比,scATAC-seq对于开放染色质区域的捕获能力仍然是不足的,另外在scATAC-seq的细胞类型定义当中,往往需要借助scRNA-seq的数据进行辅助,也是scATAC-seq分析中的一个难点。接下来,我们将介绍scATAC-seq的常用分析方法。
ATAC-seq 能够利用 Tn5 转座酶在全基因组范围内鉴定染色质开放区域,是研究表观遗传调控的有力工具。随着单细胞技术的不断发展,我们能够在单细胞水平研究染色质可及性,但相比于scRNA-seq,scATAC-seq 的数据十分稀疏且充满噪音,其分析往往需要不同的方法。目前对scATAC-seq数据分析进行全面介绍的综述寥寥无几,不利于...