scATAC-seq是一种用于测定染色质开放性的单细胞测序技术。通过该技术,可以获得细胞核内开放染色质的基因组位置和组成,从而揭示细胞内基因的表达和调控情况。 2. scATAC-seq的原理 scATAC-seq的原理基于转座酶介导的核心染色质测序。在该技术中,细胞的染色质首先被处理成单细胞核提取物。随后,通过转座酶将TC标记的修...
ATAC-seq即transposase-accessible chromatin using sequencing,是一种检测染色体开放区域的技术。该方法由斯坦福大学Greenleaf实验室在2013年首次发表[1],两年后该实验室又发表基于单细胞的ATAC-seq技术[2]。ATAC-seq相比于之前的FaiRE-seq和DNase-seq,ATAC-seq用Tn5转座酶对染色体开放区域进行剪切,并加上adaptors序列(图...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)技术是一种用于探究单个细胞内转座酶可接近性染色质的测序方法,它为理解基因调控机制与表观遗传异质性提供了前所未有的单细胞分辨率。 虽然scATAC-seq 数据蕴含丰富的生物学信息,但由于其高维度(大量开放染色质峰)和极端稀疏性(每个细胞仅有一小部分峰有读数),使得从这些数据中准确地识别...
scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),用于处理各种测序数据格式。 研究团队对8种不同的scATAC-se...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
scATAC-seq的技术原理最早见于2015的Shendure实验室在《Science》发表的文章《Multiplex single-cell profiling of chromatin accessibility by combinatorial cellular indexing》和Greenleaf实验室在《Nature》发表的文章《Single-cell chromatin accessibility reveals principles of regulatory variation》。其在技术原理上的差异见...
服务名称: 单细胞ATAC-Seq技术服务 scATAC-seq是单细胞表观遗传学研究的重要方法,研究的是染色质可接近性。染色质可接近性是DNA转录成RNA的前提,因而是研究单细胞水平细胞间差异的一扇重要的窗口。染色质可接近性的信息有助于我们对细胞进行分类,以及构建细胞在分化路径上的假时序过程。上...
ATAC-seq 已被广泛用于绘制不同细胞类型的开放染色质区域。最近的技术发展已允许染色质无障碍分析在单细胞水平(scATAC-SEQ)和异构样品内显示在不同的细胞类型不同的调节模块。 这里,我引用荷兰计算机科学家的话狄克斯特拉(Edsger W.Dijkstra): 简单是可靠性的先决条件。