另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核中所有的DNA进行测序,并且不需要将DNA片段打断。 Spatial-ATAC-seq 与RNA-seq的技术发展路线很相似,ATAC-seq技术的发展也呈现着由组织水平到单细胞水平最终达到空间水平的发展趋势。2021年樊荣老师...
scATAC-seq技术的发展 作为原始的bulk ATAC-seq,我们知道其只能解释组织样本的染色质开放性特征,然而对于生命科学领域的许多研究涉及到细胞分化的重要问题,也就是我们希望通过单细胞维度研究由一种细胞类型转变为另一种细胞类型的过程当中,染色质开放性的变化规律,从而研究转录因子在细胞类型转变过程中发挥的作用。 scATAC...
另外一点,scRNA-seq只能对含有Poly(A)尾的RNA片段进行测序,并需要将片段打断,便于illumina测序;而scATAC-seq能够对细胞核中所有的DNA进行测序,并且不需要将DNA片段打断。 Spatial-ATAC-seq 与RNA-seq的技术发展路线很相似,ATAC-seq技术的发展也呈现着由组织水平到单细胞水平最终达到空间水平的发展趋势。2021年樊荣老师...
单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)将单细胞技术和ATAC-seq进行结合的能够在单细胞层面探索染色质开放性的有效方法。单细胞层面的scATAC-seq可以批量检测染色质的开放程度,结合生信分析鉴定转录因子结合位点,可以在DNA水平系统研究基因的转录调控。
scATAC-Seq是在2013年斯坦福大学William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性的ATAC-Seq技术基础上开发的测序技术,ATAC-Seq原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
达普生物正式发布星海单细胞表观组测序建库试剂盒,该产品是全球首款兼容文库混样测序单细胞表观组(scATAC-seq)商业化试剂盒,由达普公司技术团体全程自主设计,自主研发! 单细胞表观基因组学能从单细胞全基因组水平全面且无偏倚的表征肿瘤病理学,干细胞微环境和细胞异质性。为疾病机制探究提供新视角。近年来,这项技术...
之前的推文中,我们简单介绍了scATAC-seq的技术原理和发展历程。从本期推文开始,我们将分享scATAC-seq的常用工具和基本的分析流程。scATAC-seq分析工具当中,比较为人熟知的是ArchR、SnapATAC以及Signac三个R包,本期我们着重对SnapATAC进行介绍。SnapATAC是由加州大学圣地亚哥分校的任兵教授团队开发的工具,这款工具很早就已经推...
作者将控制性别(female)的生物学重复创伤组织用于 scRNA-seq,这样就排除了对纤维母细胞状态的生物学或性别特异性差异的公正评估。尽管来自 LWC 细胞的 scATAC-seq 比较了再生能力与非再生成纤维细胞,但这样排除了在招募到不同创伤区域(LWC 与 LWP) 或创伤类型(SWs 与 LWs) 的成纤维细胞间差异染色质状态可及性 ...
该论文提出了一种新的单细胞线粒体测序技术——C4_mtscATAC-seq。这项技术不仅能够在单细胞水平捕获染色体开放区域(scATAC),还能获取同一细胞的线粒体测序数据,对于探究单个细胞中线粒体的异质性及其与核基因信息交流具有重大意义。 DNBelab...
ATAC-seq技术在全基因组范围内鉴定染色质开放区域，是研究表观遗传调控的重要工具。随着单细胞技术的发展，单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）能提供单细胞水平的染色质可及性信息，但数据处理和分析面临挑战。中山大学徐锦课题组的综述论文为scATAC-seq提供了全面指导，包括数据预处理、质量评估、染色质图谱分析...