提取比对到特定染色体(如chr1)的序列: bash samtools view -c chr1 input.bam 提取比对位置在特定区域(如chr1:1000-2000)的序列: bash samtools view input.bam chr1:1000-2000 检查提取结果,确保满足指定条件: 提取结果可以通过查看输出来验证。如果结果量很大,可以先使用head或less命令查看前几行,确保它们...
提取比对结果 以NA12891_CEU_sample.bam文件为例,我们首先建立该文件的索引: $ samtools indexNA12891_CEU_sample.bam 接着提取特定区域(例如1:200000000-250000000)的比对结果: $ samtools viewNA12891_CEU_sample.bam1:200000000-250000000|head-n3|cut-f1-9SRR005672.88959912156228506051M=215623041227SRR010927.10846964...
# 提取bam文件中比对到chr1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view test.bam chr1 > test.chr1.sam # 线粒体 samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view test.bam chr1:30000-100000 > test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、...
通过samtools view命令提取部分reads到一个新的BAM文件中。命令如下: samtools view命令默认会以SAM格式(文本文件)输出,-b flag用于指定以BAM格式(二进制文件,不可直接读)输出; -h flag表示连同输入BAM文件中的头部信息一同输出,默认情况下不输出头部信息,但有的工具在处理BAM文件时要读取头部信息,因此最好的做法是...
例:提取1号染色体上1234~123456区域的以对read samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456 | head 参考网址:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484720&idx=1&sn=4bb3e3d2182ffe937d58dc135b4bbd24&chksm=9b48458bac3fcc9df23d7f84023eb371289d58a74a5237056c232...
samtools view test.bam chrM>test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view test.bam chr1:30000-100000>test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq-N-1sample_P1.fq-2sample_P2.fq sample.bam ...
$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 $ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
五.提取特定位置上的比对结果 # 提取bam文件中比对到chr1上的比对结果,并保存到sam文件格式samtools view test.bam chr1 > test.chr1.sam # 线粒体samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果samtools view test.bamchr1:30000-100000 > test.chr1_30k-10...
samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...