view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the...
samtools view abc.bam scaffold1>scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam 具体例子: ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for...
view命令的主要功能是: 将输入文件转换成输出文件,通常是将比对后的sam文件转换为bam文件 ,然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作)。 view命令中,对sam文件头部的输入( -t 或 -T )和输出( -h )是单独的一些参数来控制的。
view SAM<->BAM<->CRAM conversion depad convert padded BAM to unpadded BAM 示例: 2.1.1) 将bam文件转化为sam文件,h参数表示header samtools view -h RNA-seq.bam >RNA-seq.sam 2.1.2) 将sam文件转化为bam文件,-b意思使输出使BAM format,-S意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t ...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 内存参数默认下是 500,000,000...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region1[...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput ...