# samtools view 使用说明: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) 仅仅输出文件的头 -S input is SAM 默认下输入是 ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件(没有header的sam文件不能转换成bam文件)基本使用方法: samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam...
view 要对来自BWA或其他比对工具产生的SAM输出文件进行进一步的操作,我们需要首先将SAM转换为其对应的二进制格式BAM。二进制格式对于计算机来说更容易处理,而且减小了内存。要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回...
samtools view-bf4abc.bam>abc.f.bam # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view abc.bam scaffold1>scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header ...
$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 ...
SAM文件的头部应该包含描述参考序列(reference sequences)的SQ行。如果这些行缺失,samtools view 在尝试添加PG行到头部时可能会失败。 头部格式错误: SAM头部格式必须符合SAM/BAM格式规范。如果头部包含非法字符、错误的键值对或格式不正确的行,samtools 可能无法正确解析并添加PG行。 PG行冲突: 如果SAM头部已经包含了一...
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。
5.samtools的view不就可以进行格式转换,还可以进行数据的提取 例:提取1号染色体上1234~123456区域的以对read samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456 | head 参考网址:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484720&idx=1&sn=4bb3e3d2182ffe937d58dc135b4bbd24&chksm...
view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
~/.bashrc 5.运行:samtoolssamtools常用命令详解1.viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能...对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam文件不可或缺的...