samtools view -f 16 test.bam|head -1比对到正向链的reads 基本用法: samtools view -F 16 test.bam|head -1统计共有多少条reads(pair-end-reads这里算一条)参与了比对参考基因组 基本用法: samtools view -c test.bam筛选出比对失败的reads,看序列特征 基本用法: ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。IGV显示比对情况也需要。 常用参数 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -b # 创建一个BAI索引。当不使用格式选项时,这是当前的默认设置。-c # 创建CSI索引。默认情况下,索引的最小间隔大小为2^14,与BAI格式使用的固定值...
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...] #默认情况下不加region,则是输出所有的region。 Options: -b output BAM #默认下输出是sam格式文件,该参数设置输出bam格式 -C output CRAM (requires -T) -1 use fast BAM compression (implies -b) -u uncompressed BAM ...
view主要用途有两个,一是文件SAM和BAM之间的格式转换,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
$ samtools view celegans.sam | tr '\t' '\n' | head -n 11 依次对应QNAME、FLAG、RNAME、POS、MAPQ、CIGAR、RNEXT/PNEXT、TLEN、SEQ、QUAL(详细信参阅《Bioinformatics Data Skills》第390页) 使用samtools的-b参数完成sam->bam格式转换(sam:纯文本,可读性好;bam:二进制文件,后续处理效率更高) ...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
samtools view的参数很多,-b、-C、-1、-u、-h、-H和-C选项将更改缺省的无header SAM的输出格式,而-o和-u选项将设置输出文件名。-t和-T选项提供了额外的参考数据。当SAM输入不包含@SQ headers时,这两个选项中的一个是必需的,当编写CRAM输出时,-T选项是必需的。-L、-M、-r、-R、-d、-D、-s、-q...