view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools view abc.bam scaffold1>scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam 具体例子: ...
tview能直观的显示出reads比对基因组的情况,和基因组浏览器有点类似。 当给出参考基因组的时候,会在第一排显示参考基因组的序列,否则,第一排全用N表示。 按下g ,则提示输入要到达基因组的某一个位点。例子“scaffold_10:1000"表示到达第10号scaffold的第1000个碱基位点处。 使用H(左)J(上)K(下)L(右)移...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth...
samtools view的参数很多,-b、-C、-1、-u、-h、-H和-C选项将更改缺省的无header SAM的输出格式,而-o和-u选项将设置输出文件名。-t和-T选项提供了额外的参考数据。当SAM输入不包含@SQ headers时,这两个选项中的一个是必需的,当编写CRAM输出时,-T选项是必需的。-L、-M、-r、-R、-d、-D、-s、-q...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region1[...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput ...