samtools view -h RNA-seq.bam >RNA-seq.sam 2.1.2) 将sam文件转化为bam文件,-b意思使输出使BAM format,-S意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t samtools view -bS RNA-seq.sam > sample.bam 2.1.3) 提取某个区间的比对结果(需要索引文件) samtools view -hb RNA-seq.bam 'chr17:40465680-404658...
2. 用一用samtools tview # samtools tview 用法 samtools tview test_sort.bam ref.fa # 注意,ref.fa文件mapping的时候使用的基因组的FASTA文件 图1 samtools tview 的使用 使用上述命令,可以打开samtools tview的交互模式。需要注意,这里有一个坑,就是用conda安装的samtools不能使用交互模式,需要自己安装一下!
samtools index aln.sorted.bam 【samtools view aln.sorted.bam chr2:20,100,000‐20,200,000 samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam samtools faidx ref.fasta samtools pileup ‐f ref.fasta aln.sorted.bam samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta】 描述: Samtools是一系列处理BAM格式序...
testv $opts, "./test_view $tv_args range.bam $regions > range.tmp"; testv $opts, "./compare_sam.pl range.tmp range.out";# Regression check for out-of-bounds read on regions list (see # samtools#2063). As reg_insert() allocates at least four slots # for chromosome regions, we...