2.1.3) 提取某个区间的比对结果(需要索引文件) samtools view -hb RNA-seq.bam 'chr17:40465680-40465850' >out.bam 2.14)tview命令启动基于ascii的交互式查看器,可用于可视化读取与参考基因组的指定区域。 Usage: samtools tview <aln.bam> [ref.fasta] 2.15)提取比对上的区域 samtools view -h -F 4 -b...
#对SAM文件转换成BAM文件 samtools view -hb ./test.sam > test.bam #对BAM文件按mapping结果进行排序 samtools sort -O BAM -T test_sort.bam.temp -o test_sort.bam test.bam #对BAM文件建立indexsamtools indextest_sort.bam test_sort.bam.bai 2. 用一用samtools tview # samtools tview 用法 samto...
2source ~/.bashrc 这样就可以直接使用bwa和Samtool了。 samtools一般是统计比对信息的,一些处理工作等。 bwa的使用: BWA SYNOPSIS语法: 1)bwa index ref.fa 2)bwa aln ref.fa short_read.fq aln_sa.sai 3)bwa samse ref.fa aln_sa.sai short_read.fq aln-se.sam 3)bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai...
hb264ae4_8 bioconda tblib 1.7.0 pyhd3eb1b0_0 threadpoolctl 2.2.0 pyh0d69192_0 tk 8.6.11 h1ccaba5_0 toolz 0.11.2 pyhd3eb1b0_0 tornado 6.1 py39h27cfd23_0 typing_extensions 4.1.1 pyh06a4308_0 tzdata 2022a hda174b7_0 vcflib 1.0.3 hecb563c_1 bioconda vsnp 2.03 hdfd78af_2...
Version info bcbio version (bcbio_nextgen.py --version): 1.2.8 OS name and version (lsb_release -ds): Ubuntu 20.04.3 LTS To Reproduce Exact bcbio command you have used: bcbio_nextgen.py upgrade -u skip --genomes sacCer3 --aligners bwa --...