-b outputBAM# 该参数设置输出BAM格式,默认下输出是SAM格式文件-h print headerfortheSAMoutput # 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-HprintSAMheaderonly(no alignments)# 仅仅输出文件的头文件-Sinput isSAM# 默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好加该参数...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
view命令的主要功能是: 将输入文件转换成输出文件,通常是将比对后的sam文件转换为bam文件 ,然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作)。 view命令中,对sam文件头部的输入( -t 或 -T )和输出( -h )是单独的一些参数来控制的。
1⃣️ sam文件转位bam文件:samtools view -bS file.sam > file.bam bam转sam:samtools view -h -o file.sam file.bam 2⃣️ 提取比对到参考基因组上的reads:samtools view -bF 4 file.bam > file.F.bam。。若提取两条reads都比对上,则F值设计为12。 4+8 3⃣️ 提取bam文件中比对到chr3...
- H:剪切,表示读取数据存在序列信息缺失。 - P:填充,表示这个位置没有参考序列数据。 - =:匹配,表示对应的序列与参考序列匹配。 - X:差异,表示对应的序列与参考序列存在差异。 Cigar编码可以帮助我们了解比对序列的特征和与参考序列的关系,进而进行序列比对分析。©...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for...
view命令中,对sam文件头部(序列ID)的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] 下面的view命令的部分参数 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.options: -b output BAM # 该参数设置输出 BAM 格式,默认下输出是 SAM 格式文件 -...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 内存参数默认下是 500,000,000...
# samtools view 使用说明: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) 仅仅输出文件的头 -S input is SAM 默认下输入是 ...
Usage: samtools tview [options] <aln.bam> [ref.fasta] Options: -d display output as (H)tml or (C)urses or (T)ext -p chr:pos go directly to this position -s STR display only reads from this sample or group --input-fmt-option OPT[=VAL] Specify a single input file format option...