使用samtools reheader: 如果头部问题难以手动修复,你可以考虑使用samtools reheader命令来替换SAM文件的头部。首先,你需要创建一个包含正确头部信息的SAM文件作为模板,然后使用以下命令:bash samtools reheader template.sam input.sam > output.sam 其中template.sam是包含正确头部的SAM文件,input.sam是你的原始SAM...
# samtools view 使用说明: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) 仅仅输出文件的头 -S input is SAM 默认下输入是 ...
samtools view abc.bam scaffold1>scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam 具体例子: ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件(没有header的sam文件不能转换成bam文件)基本使用方法: samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam...
Usage: samtools view [options]|[region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 ...
samtools view -h d0.bam -o test.sam -b #view命令默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出为 BAM 格式 -H #仅仅输出文件的头部信息 -h #默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -@ #指定线程 -o #设定输出文件 ...
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时...
结合grep查询header指定行 $ samtools view -H celegans.bam | grep "^@RG" 结合head -n参数列出alignment部分第一行 $ samtools view celegans.sam | head -n 1 以上命令用于手动检查SAM/BAM文件格式 SAM文件alignment部分,共有11个字段: 使用如下命令查看第一个aligment lines,可使用tr分行显示 ...
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带...
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时...