HISAT2的输出结果是SAM格式文件,可以使用samtools对结果进行进一步处理和分析。 首先,我们可以使用samtools将SAM格式文件转换为BAM格式,以便更加高效地存储和处理。 ``` samtools view -bS <sam> > <bam> ``` 其中,<sam>是HISAT2的输出SAM格式结果文件,<bam>是转换后的BAM格式文件。 然后,我们可以使用samtools...
指定索引文件位置：使用 x 参数来指定 hisat2 索引文件的位置。索引文件通常可以在特定网站上找到，如果未提供，则需要自行创建。创建索引时，需考虑内存需求，如人类基因组索引的生成需要大量内存。samtools 使用方法： 查阅官方文档：同样，查阅 samtools 的官方文档是获取准确使用指南的最佳途径。 管理临时...
1.格式转换(samtools view) 我们先查看一下上一篇文章【转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对】中产生的sam文件。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ll-h./cleandata/hisat2_mm10data/ 先建立一个输出数据的文件夹。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 mkdir./cleandata/...
hisat2是一款用于将RNA-seq序列比对到基因组的工具。以下是使用hisat2进行比对的步骤:a. 安装hisat2:使用包管理器(如apt或brew)安装hisat2。b. 创建索引:使用参考基因组创建hisat2索引。c. 运行hisat2:将修剪后的序列作为输入,hisat2将会输出比对结果文件(SAM格式)。 使用samtools进行SAM文件处理samtools是一款...
在探索 hisat2 和 samtools 的应用时，首要步骤是查阅官方手册，确保对程序的每一个操作有清晰的理解。这句广为人知的程序界谚语“RTFM”（阅读官方文档）尤为重要。在实际操作中，你需要考虑你的电脑是否配备了超过16个CPU线程。如果确实如此，可以考虑使用 -p 16 参数以优化并行处理，但须注意，如果...
Linux以及Windows操作系统,HISAT2、Samtools以及IGV等软件的安装,fastq文件 操作步骤: 1. 在NCBI中找到HBV genotypeD的序列并下载sequence.gb以及sequence.fa格式文件。 2. 使用HISAT2构建HBV genome的Index,命名为HBVgenotypeD。 extract_exons.py sequence.gb > exons.txt ...
sam = rules.hisat2.output.sam output: bam = config['output_folder'] + "output.bam/{srr}.bam" threads: 8 shell: """ samtools sort -@ {threads} -o {output.bam} {input.sam} """ rule stringtie: input: gtf = config['gtf_folder'], ...
hisat2跑之前要先建索引,即index 没记错代码是hisat2-build;<scratchPath>没见过,也没怎么用过,一般就上一步得到的sam文件,下一步samtools sort生成bam文件,减少数据空间用的 赞(1) 回复 今天也很开心 楼主 2021-03-14 23:02:13 hisat2跑之前要先建索引,即index 没记错代码是hisat2-build;...
Samtools是一套实用工具,用于处理SAM(序列比对/映射)、BAM和CRAM格式的比对数据【通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,STAR等等产生的】。它可以在这些格式之间进行转换,执行排序、合并和构建索引,还能快速检索任何区域的读取数据。其包含有许多子命令: ...
samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的,具体格式可以在消息框输入“SAM”查看)的工具合集,包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作...