hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵 Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法...
以下是使用samtools进行处理的步骤:a. 安装samtools:使用包管理器(如apt或brew)安装samtools。b. 将SAM文件转换为BAM文件:使用samtools将SAM文件转换为BAM文件,以便于后续的分析。c. 索引BAM文件:使用samtools创建BAM文件的索引,以便于后续的定位和检索操作。 使用featureCounts统计基因表达量featureCounts是一款用于统计基因...
1. hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵2. Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 3. 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一) 本节介绍使用hisat2或...
2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
samtools sort XX.bam -o xxx_sorted.bamfeaturecounts 定量for i in 39 40 41 42 43 44 do nohup featureCounts -p -a /home/jiamj/analysis/ref/TAIR10.gtf -o ${i}_counts.txt /home/jiamj/analysis/clean/${i}_sorted.bam & done-p If specified, libraries are assumed to contain paired-end...
比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml),并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可,然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好,载入...
我这边分享的转录组流程通常是hisat2+featureCounts软件组合,见免费视频课程《RNA-seq数据分析》,最近读单细胞转录组文献,发现大家开始倾向于把自己做的单细胞转录组数据分析结果跟以前的传统转录组公共数据进行比较,比如下面的: 来源于文章:High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident...
我这边分享的转录组流程通常是hisat2+featureCounts软件组合,见免费视频课程《RNA-seq数据分析》,最近读单细胞转录组文献,发现大家开始倾向于把自己做的单细胞转录组数据分析结果跟以前的传统转录组公共数据进行比较,比如下面的: 传统转录组公共数据分析 来源于文章:High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel...
bashbioinformaticsgenomegff3hisat2featurecountsgenome-alignment UpdatedMay 22, 2018 Shell snakemake files of the tuxedo v2 pipeline from Pertea et al 2016 rna-seqsnakemakercondaexpressionrnaseqhisat2samtoolsconda-environmentdifferentialstringtietuxedo2ballgownrskittlebrewersmsk ...