hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵 Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法...
1. hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵2. Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 3. 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一) 本节介绍使用hisat2或...
比对结果如下: 3. featureCounts 计数得到counts表达矩阵 计数首先要获取gtf注释文件,注意要和hisat2的index文件的基因组版本相对应,如本次为mm10,则gtf文件也必须为mm10或grcm38。 研究人和鼠推荐用gencode数据库的文件GENCODE,比较常用的还有UCSC的refGene.gtf文件,下载地址在https://hgdownload.soe.ucsc.edu/(...
hisat2 featurecounts 文献HISAT2和featureCounts是生物信息学中常用的工具,分别用于基因组比对和基因表达计数。以下是关于HISAT2和featureCounts的文献: HISAT2: Kim, D., Paggi, J.M., Park, C., et al. Graph-based genome alignment and genotyping with HISAT2 and HISAT-genotype. Nat Biotechnol. 2019...
featureCounts是一款用于统计基因表达量的工具,它能够统计每个基因在各个样本中的表达量。以下是使用featureCounts进行统计的步骤:a. 安装featureCounts:使用包管理器(如apt或brew)安装featureCounts。b. 运行featureCounts:将BAM文件作为输入,featureCounts将会输出每个基因的表达量统计结果。总结起来,RNA-seq数据的上游分析涉及...
RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts)2023-06-06 462 发布于吉林 版权 简介: RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts) 将gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件)gffread coreset.gff -T -o amur_ide.gtf # -o write the output records into <outfile> instead of stdout #-T main ...
简介:Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图! featureCounts是一个用来统计count数的软件,运行的速度飞快,比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件: wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.2/subread-1.6.2-Linux-x86_64.tar.gztar -zxvf subread-1.6....
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
-p If specified, libraries are assumed to contain paired-end reads. For any library that contains paired-end reads, the 'countReadPairs' parameter controls if read pairs or reads should be counted 结果包含有 geneid，染色体位置，基因起始结束的位置以及基因的 count 数 ...
我这边分享的转录组流程通常是hisat2+featureCounts软件组合,见免费视频课程《RNA-seq数据分析》,最近读单细胞转录组文献,发现大家开始倾向于把自己做的单细胞转录组数据分析结果跟以前的传统转录组公共数据进行比较,比如下面的: 来源于文章:High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident...