2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
fastq.gz | samtools sort -@ 2 -o ./test.sort.bam ##运行耗时24:18.18 输出文件大小对比 5输出 比对摘要 对于单端测序数据的比对 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 20000 reads; of these: #总共处理了20000个读段 20000 (100.00%) were unpaired; of these: #所有读段都是未配对...
创建索引时，需考虑内存需求，如人类基因组索引的生成需要大量内存。samtools 使用方法： 查阅官方文档：同样，查阅 samtools 的官方文档是获取准确使用指南的最佳途径。 管理临时文件路径：在使用 samtools sort 命令时，可以使用 T 参数来指定临时文件的路径。这有助于管理文件路径和存储需求。 排序 BAM 文...
rule samtools: input: sam = rules.hisat2.output.sam output: bam = config['output_folder'] + "output.bam/{srr}.bam" threads: 8 shell: """ samtools sort -@ {threads} -o {output.bam} {input.sam} """ rule stringtie: input: ...
3. samtools 对输出 sam 文件排序并转为 bam 文件# -@为samtools的线程数 samtools sort -@ 10 -o test1.sorted.bam test.sam4. 转录本组装# 组装转录本,-p为线程数,-G为组装参考注释文件,-l为输出文件名前缀 # 单个样本运行 stringtie -p 10 -G Mus_musculus.GRCm38.102.gtf -l test1 -o ...
samtools view -bS <sam> > <bam> ``` 其中,<sam>是HISAT2的输出SAM格式结果文件,<bam>是转换后的BAM格式文件。 然后,我们可以使用samtools对BAM文件进行排序。 ``` samtools sort <bam> -o <sorted_bam> ``` 其中,<bam>是转换后的BAM文件,<sorted_bam>是排序后的BAM文件。 最后,我们可以使用samtool...
了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细...
2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号（或者是contig标号）以及位置升序排列...
#用vim命令新建一个脚本如sam2bam2sort.sh,将下方脚本内容黏贴进去,修改1、输入目录的绝对路径;2、输出目录的绝对路径;3、注意线程数目设定 -@后的数值设定为对应要设定的调用线程数,例子为16 samtools view -@ 16 -bS"$sam_file">"$unsorted_bam" #脚本将批量化执行,将某文件夹中的bam文件批量自动转化为s...