一般使用samtools也就是实现将sam文件转换为bam文件以便于高效处理,再者是samtools stats统计相关的比对信息以及检查sam文件的header信息。这部分内容下文都有涉及。 一、samtools以及sam文件简介 sam文件包括header和alignment两部分: 使用-H参数查看sam/bam文件的header $ samtools view -H celegans.sam 结合grep查询heade...
-b outputBAM# 该参数设置输出BAM格式,默认下输出是SAM格式文件-h print headerfortheSAMoutput # 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-HprintSAMheaderonly(no alignments)# 仅仅输出文件的头文件-Sinput isSAM# 默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好加该参数...
默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) -S input is SAM 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会...
2.1.1) 将bam文件转化为sam文件,h参数表示header samtools view -h RNA-seq.bam >RNA-seq.sam 2.1.2) 将sam文件转化为bam文件,-b意思使输出使BAM format,-S意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t samtools view -bS RNA-seq.sam > sample.bam 2.1.3) 提取某个区间的比对结果(需要索引文件) samtool...
-h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 -t FILE 这个文件是以TAB分隔的,每行必须包含参考序列名字(如染色体名),一行只包含单个参考序列名字,其它区域被忽略。这个文件定义排序是的参考序列顺序。如果你运行samtools faidx <ref.fa>,得到的索引结果文件可以作为...
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the SAM output默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header...
SAM是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM分为两部分,注释信息(header section)和比对结果部分(alignment section)。 2.BAM是SAM的二进制文件,bam文件优点:bam文件为二进制文件,占用的磁盘空间比sam...
根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam 将bam文件合并并排序 $ samtools index sample.sort.bam 生成索引,产生.bai文件,用于快速检索reads,必须进行排序后再index。tview...
-h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) -S input is SAM 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。
默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息 -H print header only (no alignments) -S input is SAM 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。 -u uncompressed BAM output (force -b) ...