1、sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m ] -m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。
samtools sort：假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序。为了省去安装等复杂步骤，这里直接使用了下载自 sixoclock软件仓库的 samtools-sort 软件，可前往 传送门免费下载，sixoclock采用了 cwl格式来表示生信流程，所以我们需要单独配置一个samtools-sort运行参数（yaml格式），如下：这里我直接使用...
按read name排序:samtools sort -n xxx.sort.bam -o xxx.sortname.bam 然后:samtools fixmate -m xxx.sortname.bam xxx.fixmate.bam 按position排序:samtools sort xxx.fixmate.bam -o xxx.sortposition.bam 最后:samtools markdup -r xxx.sortposition.bam xxx.markdup.bam(-r: 除去重复reads) (5) 合并 ...
samtools sort -l 9 -m 90M -n -o test.sort.bam -T sorted -@ 2 test.bam 上述含义是:压缩最高级9、每一个线程内存90Mb、输出文件名test.sort.bam、临时文件前缀sorted、线程数2。 当然,最简单命令: samtools sort test.bam -o test.sort.bam 3、index 主要功能:对bam文件建立索引,但在此之前必须...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级;
samtools sort[-l level][-m maxMem][-o out.bam][-Oformat][-n][-Ttmpprefix][-@ threads][in.sam|in.bam|in.cram] 重要参数: 代码语言:javascript 复制 -lINT设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级;-mINT设置每个线程运行时的内存大小,可以使用...
samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指定的文件(out.bam)。此命令还将创建临时文件tmpprefixv .%d。当整个对齐数据无法装入内存时(通过-m选项控制),根据需要使用bam。
展开全部 在运行bwa+samtools时报错, 查看samtools中sort命令的帮助信息: 单个线程需要768M内存,需要设置合适的-m参数或-@参数。同时,bwa的线程数也要合理设置。 已赞过 已踩过< 你对这个回答的评价是? 评论 收起 为你推荐:特别推荐 「网络好人」是什么意思? 有哪些揭露讽刺韩国财阀的电影? 「退休」后的...
使用Samtools sort设置线程数为8,最大内存为4GB对一个BAM文件进行排序: samtools sort -@ 8 -m 4G -i input.bam -o output.bam 4.4根据标签排序 使用Samtools sort按照“Read group”和“Sample name”排序: samtools sort -t RG,SM -iinput.bam -o output.bam 4.5过滤未配对reads 使用Samtools sort过滤掉...