使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令 vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools vi...
$ samtools view -h celegans.bam > celegans_copy.sam 二、samtools分析指南 SAMtools Sort and Index排序以及建立索引以便更快的比对分析: 排序 $ samtools sort celegans_unsorted.bam celegans_sorted 建立索引 $ samtools index celegans_sorted.bam 现在我们获得了position-sorted和indexed BAM文件 使用samtools...
samtools sort命令时,按默认染色体位置排序,顺利建立Index,如果前面排序有出入,可能不能正确建立索引。 这里我就一次建立索引了。 代码语言:javascript 复制 foriinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9;dosamtools index./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam.bai;done 4...
Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 Usage: samtools faidx <...
2 convert the aligned reads from the SAM file format to BAM(将SAM格式转换为BAM格式) 3 sort and index the BAM file (index该怎么翻译呢?) 4 identify genomic variants(变异检测) 5 visualize the reads and genomic variants(可视化) (接下来原文用wgsim模拟生成了原始的reads,直接跳过这一部分) ...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...
sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram]...
根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam 将bam文件合并并排序 $ samtools index sample.sort.bam 生成索引,产生.bai文件,用于快速检索reads,必须进行排序后再index。tview...
Usage: samtools sort [options...] [in.bam] Options: -l INT Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best) -m INT Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M] -n Sort by read name -t TAG Sort by value of TAG. Uses position as secondary index (or ...
Samtools index sample.sort.bam#对bam文件建立索引,默认生成文件为bam文件加.bai,此处生成sample.sort.bam.bai; Samtools rmdup sample.sort.bam sample.dedup.bam#去除PCR等实验过程中产生的多余duplications; Samtools mpileup –q 20 –d 8000 –ugo sample.bcf –f ref.fa sample.dedup.bam#variant calls ...