bam文件的第二列的flag值,代表了当前read比对到基因组序列的基本情况。flag值由2的0次方到2的11次方这11个数字组成,即1,2,4,8,16,32,64,128,256,512,1024,2048。每个数字表示的比对情况这里不赘述,当获得当前read的flag值时,如何拆解成flag最初的值呢,这里提供一个脚本,权当记录备忘了,大家有更便捷的方法...
#提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12test.bam>test.F12.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bf4test.bam>test.f.bam 四.Flag参数: flag是一种描述read比对情况的标记,对于双端比对的数据,生成的BAM文件中...
2. 去除PCR重复方法 使用工具:samtools和picard(已被整合至GATK中,本人使用版本4.2) 2.1 利用FLAG值去除重复 -F参数1024表示过滤PCR重复或光学重复reads,具体FLAG含义参考本人以下文章: 生信分析进阶4 - 比对结果的FLAG和CIGAR信息含义与BAM文件指定区域提取 # f提取,F过滤samtools view -F1024- h sample.bam > s...
使用samtools flags查阅flags标志位对应信息以便后续过滤分析(如其中flag值0x4代表未比对上的) 也可以按位组合,例如要过滤未通过质量控制以及未比对上的reads时,使用samtools flags unmap,qcfail查阅value 随后可使用如下命令过滤未通过质量控制以及未比对上的reads,并存盘为新的BAM文件 $ samtools view -b -F 516 c...
# 比对到参考基因组的序列,flag值为4代表比对不上 samtools view -F 4 test.bam bam排序和建索引 -@, --threads 可以添加线程数 samtools sort test.bam -o test_sort.bam samtools index test_sort.bam bam文件reads计数 samtools view -c test.bam ...
比如我们可以通过samtools view中的-f参数,找到flag值包括2的比对结果 samtools view -f 2 -q 30 test.bamchr2:1-74455083 如果有未知含义的flag,可以通过samtools flags查询 samtools flags 49 # 0x31 49 PAIRED,REVERSE,MREVERSE 比对在二号染色体上、flag包括2且质量值大于30的比对 ...
samtools view 提供了强大的筛选功能。你可以根据 FLAG 值、mapping quality、read 长度等进行筛选。如果...
Flag 标签说明 在sam/bam文件中输出的比对falg信息,是这条reads符合含义的十进制数值之和,网上也有许多在线工具可以通过输入结果flag值来标识出其对应的所有含义。 7. depth 得到每个碱基位点的测序深度,并输出到标准输出。 Usage: bam2depth [-r reg] [-q baseQthres] [-Q mapQthres] [-b in.bed] <in1...
# 过滤flag,仅输出指定FLAG值的序列 -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0] # 比对的最低质量值,一般认为20就为unique比对了,可以结合上述-bF参数使用使用提取特定的比对结果 -@ Number of additional threads to use [0]