RNA-seq的技术差异低,可以从头测序(de novo)、发现新的可变剪切等, 而芯片对低表达基因的检测稳定性更好(图1,当基因表达丰度较高时(横坐标RPKM较大时),测序和芯片之间的数据质量都是非常好(纵坐标CoV即变异系数越小,数据质量越高);但当基因表达丰度变低时(横坐标RPKM较小时),RNA-seq的数据质量急剧下降, 而...
在RNA-Seq实验设计中,生物重复和测序深度是两个关键的参数,它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。 生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要,有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异的检测能力,因...
bp=base pair, 即碱基对,用于描述双链的,如DNA, 双链RNA等 人类基因组有3000Mnt,其中大约1/30被用于蛋白质编码基因。这意味着要测序的RNA大约在100M nt(如果读长为单端100nt,相当于reads为1M) reads:高通量测序平台产生的短序列就称为reads(每次测序的读长,体现在fastq文件),也称为一个读段,reads可以是单...
FPR(False positive rate ):本来就不差异表达的基因,RNA-seq分析却错误的认为是差异表达基因数占总的非差异表达的基因数的比例;一组小鼠喂食某种药物与正常喂食的对照组相比,有19200个非差异表达基因;RNA-seq分析找到400个差异表达基因,其中有300个基因也存在于前面800个差异表达基因中,剩下的100原本就应该不是差异...
(1) 利用人胚肾293细胞和小鼠卵母细胞得到的1ng或低于1ng的总RNA为样本,用CAS-seq方案、Illumina建库试剂盒以1μg和10ng总RNA起始建库测序,其数据一致性较高(图2)。 图2 (2) 小鼠睾丸中的小RNA多样性较高,文章采用了这种样本进行实验体系测试,尽管CAS-seq使用1ng总RNA检测到的piRNA簇中piRNA的覆盖率小于Tru...
今天科研菌要和大家分享的是2017年发表在Nature Communication(IF:11.88)的一篇文章,“Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary breast cancer” ,文章利用单细胞测序技术(scRNA-seq)揭示了原发乳腺癌病人癌组织中肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞的基因表达谱,从这两类细胞去...
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刷刷题APP(shuashuati.com)是专业的大学生刷题搜题拍题答疑工具,刷刷题提供RNA-seq为深度测序技术,通常测得的序列长度较长。A.正确B.错误的答案解析,刷刷题为用户提供专业的考试题库练习。一分钟将考试题Word文档/Excel文档/PDF文档转化为在线题库,制作自己的电子错题本
在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异...
随着二代测序(next-generation sequencing, NGS)的测序量的提升和成本的降低, RNA-seq已经成为目前转录组分析的主流方法( 图 1 )。RNA-seq可以用于研究许多生物学问题:在不同细胞组织中,基因结构研究( 如可变剪切,SNP,基因结构变异 );ncRNA( non-coding RNA ),microRNA的功能研究;全基因组的表达调控研究等等。