RPKM与FPKM类似,两者计算方法相同, 区别在于FPKM针对双端测序。其中103是用来标准化基因的长度,106用来标准化测序深度。FPKM排除了测序深度对总reads数的影响,但是没有考虑到基因转录本长度对reads总和的影响,所以就有了TPM。 TPM:Trans Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百...
RNA-seq实验设计中,生物重复对TPR明显的影响,提高差异表达基因检出的质量和可靠性;RNA-seq实验设计中,测序深度在从100%降到15%,对TPR和FPR产生的影响可以忽略; 测序技术已经得到了很好地发展,测序深度一般可以满足,因此实验设计中可以考虑适当增加生物重复数;现在,一般最少做三个样本重复,但是三个有时候并不一定足够。
比如如果研究者关注的是转录异构体的发现和鉴定,测序长度比测序深度更重要。测序1百万个PacBio环形一致性序列 (circular consensus-sequencing, CCS) 可以保证长度大于1 kb的高表达基因测通,ONT测序技术也是如此。因此,测序深度主要影响低中表达的基因。低通量的局限性在研究功能基因组进行大规模差异基因分析时会更明显。
测序1百万个PacBio环形一致性序列 (circular consensus-sequencing, CCS) 可以保证长度大于1 kb的高表达基因测通,ONT测序技术也是如此。因此,测序深度主要影响低中表达的基因。低通量的局限性在研究功能基因组进行大规模差异基因分析时会更明显。为了获得足够的以保证转录组表达变化检测的准确性,需要对多个样品组的多个...
在RNA-Seq实验设计中,生物重复和测序深度是两个关键的参数,它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。 生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要,有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异的检测能力,因...
RPKM/FPKM方法:10^3标准化了基因长度的影响,10^6标准化了测序深度的影响。FPKM方法与RPKM类似,主要针对双末端RNA-seq实验的转录本定量。在双末端RNA-seq实验中,有左右两个对应的read来自相同的DNA片段。在进行双末端read进行比对时,来自同一DNA片段的高质量的一对或单个read可以定位到参考序列上。为避免混淆或多次...
然后在高通量平台(通常是Illumina)上进行测序,每个样本测序reads深度为10-30 Million reads。 早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)...
转录本计数意味着与FT RNA-Seq相比,分析所需的测序深度更小。此外,双端测序不会增加3'-DGE RNA-Seq数据的价值。因此,如果研究人员对FT RNA-Seq 文库进行测序,每个样本需要20-30M双端读长;相同的样本如果进行3'-DGE RNA-Seq文库测序,每个样本只需要 3-10M单端读长,这样就可以大大节省研究经费。由于经费限制,...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...
据我了解,其实测序工作是交给公司直接做就行了,一般会直接给我们测好的fastq文件。但是对于其中的一些基础知识还是要明白一些为好。以上是我学习整理的一些测序知识,如有错误,恳请指正。部分图片来自网上,侵删~ 关于测序深度与测序覆盖率 在之前学习过程中,遇到上述两个概念,感觉还蛮重要的,补充到这里算是一个彩蛋吧...