RNA-seq实验设计中,生物重复对TPR明显的影响,提高差异表达基因检出的质量和可靠性;RNA-seq实验设计中,测序深度在从100%降到15%,对TPR和FPR产生的影响可以忽略; 测序技术已经得到了很好地发展,测序深度一般可以满足,因此实验设计中可以考虑适当增加生物重复数;现在,一般最少做三个样本重复,但是三个有时候并不一定足够。
这意味着要测序的RNA大约在100M nt(如果读长为单端100nt,相当于reads为1M) reads:高通量测序平台产生的短序列就称为reads(每次测序的读长,体现在fastq文件),也称为一个读段,reads可以是单独一条,成为Single End reads,简称SE read,也可以是两条具有物理关系的一对reads,根据reads方向,可以分为Pair-end reads...
测序深度是指对RNA样本进行测序的覆盖率,即平均每个转录本被测序读取的次数。测序深度影响基因表达水平的估计准确性和检测低丰度转录本的能力。高测序深度可以提高数据的分辨率,但随之而来的是成本的增加。 增加生物重复通常比增加测序深度更能提高研究的统计功效,尤其是在鉴定基因表达差异时。在有限的预算下,通常建议优先...
在RNA-seq实验设计中,测序深度在从100%降到15%,对TPR和FPR产生的影响可以忽略; 测序技术已经得到了很好地发展,测序深度一般可以满足,因此实验设计中可以考虑适当增加生物重复数;现在,一般最少做三个样本重复,但是三个有时候并不一定足够。
(1) 利用人胚肾293细胞和小鼠卵母细胞得到的1ng或低于1ng的总RNA为样本,用CAS-seq方案、Illumina建库试剂盒以1μg和10ng总RNA起始建库测序,其数据一致性较高(图2)。 图2 (2) 小鼠睾丸中的小RNA多样性较高,文章采用了这种样本进行实验体系测试,尽管CAS-seq使用1ng总RNA检测到的piRNA簇中piRNA的覆盖率小于Tru...
今天科研菌要和大家分享的是2017年发表在Nature Communication(IF:11.88)的一篇文章,“Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary breast cancer” ,文章利用单细胞测序技术(scRNA-seq)揭示了原发乳腺癌病人癌组织中肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞的基因表达谱,从这两类细胞去...
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A.RNA-Seq无法区分每条RNA是转录自DNA双链中的哪一条链B.RNA-Seq的检测效率和灵敏度依赖于测序的深度C.使用RPKM来衡量基因表达量的大小可以排除转录本长度和测序深度对分析表达量的影响D.RNA-Seq可以用来鉴定转录组中的可变剪切体相关知识点: 试题来源: ...
刷刷题APP(shuashuati.com)是专业的大学生刷题搜题拍题答疑工具,刷刷题提供RNA-seq为深度测序技术,通常测得的序列长度较长。A.正确B.错误的答案解析,刷刷题为用户提供专业的考试题库练习。一分钟将考试题Word文档/Excel文档/PDF文档转化为在线题库,制作自己的电子错题本