RNA-seq实验设计中,生物重复对TPR明显的影响,提高差异表达基因检出的质量和可靠性;RNA-seq实验设计中,测序深度在从100%降到15%,对TPR和FPR产生的影响可以忽略; 测序技术已经得到了很好地发展,测序深度一般可以满足,因此实验设计中可以考虑适当增加生物重复数;现在,一般最少做三个样本重复,但是三个有时候并不一定足够。
随着二代测序(next-generation sequencing, NGS)的测序量的提升和成本的降低, RNA-seq已经成为目前转录组分析的主流方法( 图 1 )。RNA-seq可以用于研究许多生物学问题:在不同细胞组织中,基因结构研究( 如可变剪切,SNP,基因结构变异 );ncRNA( non-coding RNA ),microRNA的功能研究;全基因组的表达调控研究等等。
测序深度是指对RNA样本进行测序的覆盖率,即平均每个转录本被测序读取的次数。测序深度影响基因表达水平的估计准确性和检测低丰度转录本的能力。高测序深度可以提高数据的分辨率,但随之而来的是成本的增加。 增加生物重复通常比增加测序深度更能提高研究的统计功效,尤其是在鉴定基因表达差异时。在有限的预算下,通常建议优先...
在RNA-seq实验设计中,测序深度在从100%降到15%,对TPR和FPR产生的影响可以忽略; 测序技术已经得到了很好地发展,测序深度一般可以满足,因此实验设计中可以考虑适当增加生物重复数;现在,一般最少做三个样本重复,但是三个有时候并不一定足够。
RNA-seq中测序深度越高,鉴定的基因数越多。A.正确B.错误的答案是什么.用刷刷题APP,拍照搜索答疑.刷刷题(shuashuati.com)是专业的大学职业搜题找答案,刷题练习的工具.一键将文档转化为在线题库手机刷题,以提高学习效率,是学习的生产力工具
单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)技术以前所未有的分辨率水平在理解细胞机制方面取得了显著进展。尽管 scRNA-seq 数据本质上包含可用于识别细胞间通讯的基因表达信息,但探索通常驱动异质性和细胞状态转换的潜在 CCI 仍然是一个巨大的挑战。 细胞背后的信号传导事件通常由各种类型蛋白质的相互作用介导,包括配体-受体(L-R)...
ChIP-seq和RNA-seq一样,均需要深度测序。A.正确B.错误的答案是什么.用刷刷题APP,拍照搜索答疑.刷刷题(shuashuati.com)是专业的大学职业搜题找答案,刷题练习的工具.一键将文档转化为在线题库手机刷题,以提高学习效率,是学习的生产力工具
(1) 利用人胚肾293细胞和小鼠卵母细胞得到的1ng或低于1ng的总RNA为样本,用CAS-seq方案、Illumina建库试剂盒以1μg和10ng总RNA起始建库测序,其数据一致性较高(图2)。 图2 (2) 小鼠睾丸中的小RNA多样性较高,文章采用了这种样本进行实验体系测试,尽管CAS-seq使用1ng总RNA检测到的piRNA簇中piRNA的覆盖率小于Tru...
在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异...