转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
在NovaSeq 6000测序系统测序时,首先会对文库进行芯片制备,目的是将文库DNA(RNA)模板固定到芯片上,在固定DNA模板的过程中,每个DNA(RNA)分子会形成一个簇,一个簇就是一个测序位点,在进行固定过程中极少量的簇与簇之间物理位置会发生重叠,在测序时,测序软件通过前4个碱基对这些重叠的点进行分析和识别,将这些重叠点位...
更详细地了解特定细胞或细胞样品中的 RNA(编码和非编码)含量,对于更好地理解正常生物学或疾病进展中的不同表达非常重要。 而微阵列
靶向RNA-Seq 当对一组确定的基因组是感兴趣时,选择一组特定的转录本进行测序通常是可取的。使用全转录组测序无法分析的低表达基因也可以使用靶向RNA-Seq方法检测。 常用的方法有两种,即靶向捕获和扩增子测序。靶向捕获方法涉及使用一组生物素化的探针来选择特定的基因,这些探针结合cDNA,66,75,76或RNA77结合(图1)...
RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异,药物治疗前后基因表达的差异,发育过程中不同的发育阶段不同的组织之间的基因表达差异,等等...
第二代测序技术（Short Read RNA-seq）第二代测序技术在测序方法上取得了重大突破，基于“边合成边测序”（sequencing by synthesis）和大规模平行测序技术（massive parallel analysis,MPS），使测序通量和读取速度得到极大提升，其中最具代表性的是Illumina Solexa测序仪。Illumina的测序原理可以简化为四步：样品文库构建...
1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode标签,最后形成文库。 2. 高通量测序 完成测序库的构建后,需要使用高通量测序技术对文库中的DNA进行测序。目前常用的测序评台包括Illumina、Ion ...
RNA-Seq测序,又称RNA sequence测序,即转录组测序,简称RNA测序,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 什么是转录组? 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生...
1. 测序方法 两种建库方法对应两种测序方法: 非链特异性测序方法(non-stranded RNA-seq protocol):得到的reads没有方向性,无法判断reads是属于Gene A还是属于Gene B (Antisense RNA)的。 链特异性测序方法(stranded RNA-seq protocol):得到的reads具有方向,可以根据reads方向判断reads是属于Gene A还是属于Gene B。