转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
这种方法的一个问题是,内部poly(A)引物可以产生高频率的截断cDNA。其他方法,如3P-Seq和3 ' reads,使用基于RNA的连接来捕获3 '端片段。虽然这些方法成功地解决了内部引物问题,但RNA连接酶的序列偏好可能会带来偏差。同样值得注意的是可以同时检查3 '端区域和poly(A)尾巴长度的方法。
【导读】将RNA-seq转化为临床诊断,需要确保检测临床相关的细微差异表达的可靠性和跨实验室一致性,例如,不同疾病亚型或阶段之间的差异表达。作为Quartet项目的一部分,团队在45个实验室中进行了一项RNA-seq基准研究,系统地评估了真实世界的RNA-seq性能,并研究了26个实验过程和140个生物信息学管道中涉及的影响因素。 202...
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
cd xx/RNA-Seq_Practice cp -r xx/Ref . cd Ref gunzip -c chr.fa.gz > chr.fa #解压参考基因组 time hisat2-build -p 1 chr.fa Chr #建立索引文件 完成上述步骤后,将过滤得到的reads比对到参考基因组上。输入文件为两个fasta序列文件,将运行过程中的输出提示重定向到log文件。
转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 10.7万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、差异表达分析和富集分析 08:13 5、分析实操 11:415:31:09 【生信技能树】转录组测序数据分析 生信技能树-jimmy 43.3万 2339 ...
转录组测序和RNA-seq通常指的是同一种技术。 在某些文献中,"转录组测序"可能被用来泛指一切类型的转录组学研究方法,包括RNA-seq和其他可能的转录组测序方法(如单细胞RNA-seq、靶向RNA测序等)。但在大多数情况下,转录组测序特指利用高通量测序技术进行的转录组学研究,即RNA-seq。
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。