reads读长:Illumina 平台的reads大概为100bp(或100nt)--即单端测序100nt(或双端测序50nt) 数据量单位:以reads数量为单位更加合理,且对于双端测序,两条reads只算做一条计算数量,故通常以M为单位;以碱基数量为单位,通常以G为单位 一般要求:研究表达情况20-25M可用reads;可变剪接:50-100M可用reads;无参测序>100...
在知道了测序的质量之后,接下要关注的就是不同样本之间、各个基因的mRNA的表达量的差异。 数据标准化(RPKM、FKPM、TPM、CPM) 统计比对到基因上的reads数即为counts,也就是测序原始表达矩阵,rawdata。但由于两大原因(不同样本的测序深度,不同基因的长度),直接用counts比较没有意义,因此需要进行标准化。RPKM、FKPM...
测序深度:指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为 20M。 覆盖度:指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个...
5. 测序深度(Sequencing depth):也叫乘数,指每个碱基被测序的平均次数,是衡量测序量的首要参数。 6. 测序覆盖度(Coverage):也叫覆盖率,指被测序到的碱基占全基因组大小的比率。 7. 测序深度与测序覆盖度的举例:使用illumina 2000测序仪完成一次人类基因组(3G大小)单端测序,即可得到300G数据(假设全部是有效数据)...
1、扫描出来的最原始的文件,它的格式是“.tiff”文件,记录了每个像素点上采集到的光强度。特点是完全无损,保留了所有的原始信息。但同时数据量太大,既不便于数据的传输,也不便于数据的存储,所以,测序仪在测序过程中,只把tiff文件作为中间文件。最后是把这个tiff文件删掉的。
RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 3.TPM (Transcript per million) TPM(Transcripts Per Million) 是一种常用的基因表达量归一化方法,它将基因的表达量调整为每百万条转录本的数量。TPM 值考虑了基因的长度和测序深度,通过将每个基因的 Counts 值除以其长度...
归一化不仅对于差异表达分析必不可少,对于探索数据分析、数据可视化以及探索或比较样本之间或样本内的计数也是必要的。 2. 归一化方法 几种常见的归一化方法: RPKM/FPKM:不推荐用于样本间比较 虽然TPM 和 RPKM/FPKM 归一化方法都考虑了测序深度和基因长度,但不推荐使用 RPKM/FPKM。原因是RPKM/FPKM方法输出的归一化...
归一化不仅对于差异表达分析必不可少,对于探索数据分析、数据可视化以及探索或比较样本之间或样本内的计数也是必要的。 2. 归一化方法 几种常见的归一化方法: RPKM/FPKM:不推荐用于样本间比较 虽然TPM 和 RPKM/FPKM 归一化方法都考虑了测序深度和基因长度,但不推荐使用 RPKM/FPKM。原因是RPKM/FPKM方法输出的归一化...
饱和曲线(Saturation curves):评估在给定测序深度下预期的转录组覆盖度 对测序实验进行适当规划以避免技术偏差与良好的实验设计同样重要,特别是当实验涉及需要分批处理的大量样品时。 4. RNA-seq数据分析 4.1 质量控制 4.1.1 Raw reads 涉及测序质量,GC含量,adaptor,不合适的k-mers和PCR重复的分析,进而检测是否存在测...
新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA-Seq就是其中之一,这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解,达到了前所未有的深度和广度。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量,而这恰恰是一柄双刃剑。丰富的数据量蕴含着大量的宝贵信息,但这样的数据需要复杂的生物信息学分析,才能从中提取到有意...