综上所述,此研究利用ATAC-seq技术,将数据与RNA-seq和FLGWAS数据整合,以全面理解WT和Li2突变体在纤维发育中的分子及遗传机制。研究确定了与纤维伸长相关的关键基因,为进一步研究棉花纤维伸长机制和表征参与Li2表型发育的特定基因提供了基础(图7)。这些关键基因的特征对于准确理解Li2突变体中短纤维表型的分子和遗传基础...
本技术说明探索并演示了三种不同的策略,这些策略对于在单个细胞ATAC-seq数据中标注细胞类型所需的生物信息学专业知识的数量有所不同。 生信技能树jimmy 2020/05/29 1.6K0 bioRxiv | 用于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合的转移学习 深度学习迁移学习机器学习人工智能神经网络 今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
目前已经开源了很多ATAC-seq原始data的预处理与计算,其基本流程为: QC->Alignment->Remove low quality-> Call Peak 针对Call Peak 的结果,可以计算不同组间差异的Peak,或者Motif 富集与转录因子足迹分析,更进一步的可以联合RNA-seq。 Fig 4: Roadmap of a typical ATAC-seq analysis. ...
nCount_RNA < 25000 & nCount_ATAC > 1800 & nCount_RNA > 1000 & nucleosome_signal < 2 & TSS.enrichment > 1 ) pbmc 基因表达数据处理 我们可以使用 SCTransform 对基因表达数据进行标准化,并使用 PCA 降低维度。 DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" ...
图3 不同分化状态心脏成纤维细胞的 ATAC-seq 分析 三、 差异基因表达与动态染色质可及性有关 为了研究启动子可及性是否与心脏成纤维细胞中的基因表达相关,将RNA-seq和 ATAC-seq数据结合起来进行分析(图4)。发现至少在一种状态下心...
通过ATAC-seq联合RNA-seq检测IRF1-KO细胞中ISG基因座染色质可及性和表达水平变化,发现结果与此前一致:相比Ctrl细胞,IRF1-KO细胞中ISG相关基因的表达水平整体下降,而且ISG相关基因的启动子区域染色质可及性也全面降低。 综上所述,在TLR4...