1. STRING 数据库基本介绍 官网: STRING: functional protein association networks (string-db.org)R语言版本:Bioconductor - STRINGdb STRING是一个已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用的数据库。相互作用包括直接(物理)和间接(功能)联系;它们源于计算预测、生物之间的知识转移,
在我们运行sortmerna命令之前,必须首先下载并处理真核、古细菌和细菌 rRNA 数据库。sortmerna_db/文件夹将是我们保存运行SortMeRNA所需文件的位置。这些数据库只需要创建一次,因此任何未来的RNAseq流程中都可以使用这些文件。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #将 sortmerna 包 下载到 sortmerna_db 文...
案例1: 基于RNA-seq数据构建中国最大人群的脑胶质瘤免疫组库数据库[3]中国脑胶质瘤基因组图谱计划（CGGA，Chinese Glioma Genome Atlas）拥有脑胶质瘤相关的最大规模的RNA-seq数据，以及匹配的临床和基因型信息。为探究中国人群脑胶质瘤免疫组库特征，本研究纳入了CGGA的913个脑胶质瘤患者RNA-seq数据，并根据IDH1/2...
通过这张图展示的是 GEO数据库中的 RNA-seq数据与芯片数据积累随时间的变化，很显然测序数据从2015年开始就已经超过了芯片数据的累积 （生信宝典注：这里没有统计物种信息，芯片能应用的物种少，测序能应用的物种多。现在临床数据分析还是基于芯片的数据量更大一些，有兴趣一起易生信GEO/TCGA专题课程 - 挖掘公共数据...
1. 首先需要获取这个项目的编号,在SRA数据库中检索该项目编号: 2. 点开一个文件,点击:All runs 3. 在这里可以获取样本编号, 4. 下载后得到,SRR_Acc_List 5. prefetch 下载数据 ##单个样本下载 prefetch SRR1482463 -O output #output替换为你想下载数据的路径 ## 批量下载数据 prefetch -O output --optio...
Brain RNA-Seq数据库:web.stanford.edu/group/ 应用1:输入基因名可查询该基因在不同细胞类型的表达情况,例如输入TPPP,点击Search得到结果与Cell文章一致: 众所周知,Iba1是小胶质细胞的特异性标志物,在GeneCards(genecards.org/ )输入Iba1 可知其基因名为Aif1。 在Brain RNA-Seq数据库查询Aif1,发现Aif1特异性...
在集群里找到原始fastq数据 - 构建fastq目录结构 最后提交SRA - 填表[Each file must be listed in the SRA metadata table you uploaded.],参考历史记录,输入fastq文件名,然后用ascp上传,有命令指引 最终上传数据时有问题,显示远程服务器磁盘空间不足【偶尔】网站上显示是NCBI问题,过几天再看看。
该模块包括4个子模块:mirTarPathway、rbpTarPathway、rnaTarPathway、ceRnaPathway。可让研究人员自行结合clip-seq、降解组学、靶标基因预测数据库、Pan-cancer等多维度证据预测目的基因的靶标,并通过KEGG或GO等对靶标基因的功能进行注释。 这里小编以mirTarPathway模块为例说明使用方法。首先在页面左侧设置条件。
走到这一步,似乎顺畅了许多,最主要时间不用花费那么多了。另外,以前曾经处理过不计其数的芯片,挑选差异表达基因,筛选关键基因,功能富集,还有基于全部数据的WGCNA(当然你也可以用差异基因来做,虽然不推荐,看不少文章也这么发),GSEA,PPI等等,这些后续我会慢慢发出来。
RNA-seq⽅法原理、数据分析、数据库及⼯具介绍RNA-seq⽅法原理、数据分析、数据库及⼯具介绍 能够对RNA序列数据进⾏分析的新⽅法可以让我们从头开始构建转录组。对RNA进⾏测序⼀直以来都被认为是⼀种发现基因的有效⽅法，⽽且这种⽅法还被认为是对编码基因以及⾮编码基因进⾏ 注释的⾦标准...