结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异性。后续确定毛细内皮B亚群对于细胞凋亡、迁移和血管生...
在这里,我们介绍 CellCommuNet,这是一个全面的数据资源库,利用单细胞RNA测序(scRNA-seq),探索正常和疾病状态下人类和小鼠组织中的细胞-细胞通讯网络。 鉴于CellChat 工具在比较数据集、生成综合分析结果以及提供丰富的可视化方面的优势,CellCommuNet 在分析流程中采用 CellChat 作为主要工具,并以源细胞-靶细胞-配体-受...
预测miRNA结合位点,从环状RNA头尾各取50bp序列,用targetscan来预测这100bp序列上的miRNA结合位点 预测蛋白结合位点,从starbase数据库下载CLIP-Seq的数据,同样分析头尾个50bp区域上的蛋白结合位点 将以上所有的结果整合起来,就构建成了TSCD数据库,整个数据库构建的流程示意如下 官网提供了不同基因组版本供我们查阅,示意如...
图2 工作模型 总的来说,作者们利用伪时间分析和单细胞RNA测序的而方式对早期小鼠和人类胚胎着床前的细胞亚群进行了精准地定义(图2),提供了一个完整的、有序的、连续的早期胚胎发育过程中的转录组学变化数据库,为人类早期胚胎发育细胞谱...
该研究系统地分析了PanglaoDB数据库中1349个已注释的数据集,涵盖了5530106个细胞。结果显示,人体组织中的scRNA-seq数据的平均mtDNA%显著高于小鼠组织,这一差异不受数据生成平台的影响。基于此,该研究提出了121个小鼠组织和44个人类组织的新的mtDNA%参考值。对于小鼠组织,5%的阈值能够有效区分健康细胞和低质量细胞;然而...
目前研究表明,db/db小鼠,作为T2DM模型,也是典型研究心功能转变模式的DCM模型。实验选择4、24和32周龄的db/db小鼠,对它们的心脏进行RNA-seq检测分析。 在所有3组中,共有215个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。结合KEGG数据库分析显示14个通路中显著富集(p<0.001,q<0.001),代谢途径(mmu01100)包含...
借助公共数据库中H3K9me3、H3K4me3和H3K27me3的ChIP-seq数据,该团队发现lncRNA与PCG在H3K27me3修饰模式上存在差异,major ZGA相关PCG在1细胞期存在H3K9me3修饰,这解释了这些基因虽然存在Pol II的预占位却直到2细胞期才激活的原因。 通过进一步分析Pol II的ChIP-seq数据,该团队还发现初级ZGA相关lncRNA的转录起始位...
3. 联合分析染色质可及性和H3K27ac ChIP-seq数据,揭示了B6和129小鼠之间活性调控区域的差异 为了研究B6和129小鼠在常规饮食与高脂肪饮食条件下肝脏的染色质可及性差异,进行了ATAC-seq(每组N=5-7只小鼠),识别出大量不重叠的无核小体区域(NFRs),这些区域主要位于启动子和非编码基因组区域。结果发现不同品系间存...
小鼠圆形精子、成熟精子细胞RNA-Seq文库的构建 摘要 小鼠精子增殖分化一步一步的发育成熟,这个过程很复杂。精原细胞经过 有丝分裂,减数分裂和圆形精子拉长变态,最后形成带尾巴的成熟精子。精子 发育后期即精子形成阶段,圆形精子细胞经过一系列的生化反应和形态结构变 化变成长形精子细胞在附睾尾发育成具有繁殖性能的成熟...