2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。 基因调控网络 我们要深刻...
结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异
Slide-seq是一项最新开发的技术,已显示可用于小鼠大脑的冷冻切片分析。这些直接的mRNA捕获方法不需要专门的设备,具有相对简单的分析方法,并且可能大规模应用于许多组织。但是,有两个重要的问题有待解决。首先,该技术只能应用于新鲜的冷冻组织。其次,分辨率受到芯片大小和寡核苷酸凝珠间距的限制;当前应用的芯片大小分别为...
作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱能神经元的多样性。
作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱能神经元的多样性。
研究对象:小鼠 研究方法:RNA-seq、流式细胞术、免疫组化等 DOI:10.1016/j.omto.2022.04.003. 研究背景 靶向GPC3的CAR-T细胞对有细胞因子释放综合征(CRS)风险的肝细胞癌患者的治疗初显成效。几种采用天然TCR信号传导的T细胞过继疗法(ACT)在实体肿瘤中诱导...
Slide-seq是一项最新开发的技术,已显示可用于小鼠大脑的冷冻切片分析。这些直接的mRNA捕获方法不需要专门的设备,具有相对简单的分析方法,并且可能大规模应用于许多组织。但是,有两个重要的问题有待解决。首先,该技术只能应用于新鲜的冷冻组织。其次,分辨率受到芯片大小和寡核苷酸凝珠间距的限制;当前应用的芯片大小分别为...
通过与成年小鼠脑EC标记物CD31的共免疫荧光染色,验证了小鼠脑EC中富集的代表性蛋白质的组织特异性小鼠大脑(大脑皮层)、肺和肝组织切片。箭头表示对靶蛋白具有阳性染色信号的血管。比例尺=100毫米。 见图五 脑EC富集蛋白在成年小鼠脑中的血管定位。 图五
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
近日,苏州系统医学研究所苏吴爱平教授和秦晓峰教授合作,发布了一个基于转录组测序(RNA-Seq)数据对小鼠组织中10种主要免疫细胞组分进行预测的计算模型(seq-ImmuCC),将为测序数据提供免疫细胞层面的解读视角。相关研究以“seq-ImmuCC: Cell-CentricView of Tissue Tranome Measuring Cellular Compositions of Immune...