结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异性。后续确定毛细内皮B亚群对于细胞凋亡、迁移和血管生...
图2 单细胞短读长测序数据质控 对于批量RNA测序,PCA分析显示三种细胞类型在PC1轴上分离,PC1的变异率为53.73%(图3d)。与单细胞数据相似,ST-HSC位于LT-HSC和MPP之间,与它们的生物学状态相对应。综上所述,这些结果表明细胞被正确分选,批量和单细胞短读长RNA-seq数据的质量都很高。 图3 批量细胞的短读长测序数据...
基于小鼠15个组织RNA-seq数据的全基因组重注释 一、研究背景 近年来,RNA-seq技术在分子生物学中得到广泛应用。通过RNA-seq技术可以快速获得高通量的转录组数据,对基因功能以及转录调节进行研究,有助于深入了解生物的基本生理和病理过程。在进行RNA-seq实验时,进行正确的注释是基础,它能够影响到结果的准确性和可靠性。
为了验证上述差异表达基因并确定其变化在多大程度上是下丘脑特异性的,作者将该数据集与一个公开的分析雌性小鼠海马的snRNA-seq数据集进行了比较。星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞在下丘脑和海马数据集之间显示高度一致性,而下丘脑神经元与海马神经元的基因表达...
本文通过系统分析在线的RNA-seq数据首次实现了组织特异性circRNA的系统分析,对于circRNA的研究意义重大。但由于本文所使用的资源主要为已上传的RNA-seq数据,样本量还相对比较有限,今后可通过全世界的科学家不断共享相关数据来增加本数据库的信息量和准确性。
(3)RNA-Seq技术:用于检测小鼠卵巢组织中基因表达的变化。 2.方法 (1)分组与处理:将小鼠分为对照组和实验组,实验组小鼠给予藻蓝蛋白处理,对照组则不作处理。 (2)卵巢组织收集:处理一段时间后,收集小鼠卵巢组织。 (3)RNA提取与测序:提取卵巢组织中的RNA,进行RNA-Seq测序。 (4)数据分析:对测序结果进行生物信息...
请注意,两个数据集中的细胞类型比例应该相似:例如,如果Meis在 snRNA-seq 中是一种罕见的细胞类型,那么即使在空间数据中,它也应该是一种罕见的细胞类型。 ad_sc.obs.subclass_label.value_counts() 5 准备映射 Tangram 学习单细胞数据的空间对齐,以便对齐的单细胞数据的基因表达与空间数据的基因表达尽可能相似。
通过单核RNA测序技术（sn-RNA-seq，使用10x平台），一项新研究揭示了小鼠脊髓中胆碱能神经元类型的出人意料的多样性，该研究发表在影响因子为12.121的期刊上。研究者针对12只小鼠脊髓（分为4组，每组3个重复）进行了细致的实验，其中采用优化的单细胞核悬液制备方法，包括动物模型解剖取材、抽核、FACS...
改进的RNA-Seq数据转录组表达分析研究 基于高通量测序的RNA-Seq(RNA-sequencing)是用于转录组研究的一种新技术,针对该技术在转录组表达分析研究中存在的读段多源映射和读段非均匀分布等难点,提出一个改进的... 石新新,刘学军,张礼 - 《数据采集与处理》 被引量: 2发表: 2015年 基于小鼠15个组织RNA-seq数据的...
为了验证单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的完整性,以及肺部mRNA和蛋白含量随年龄的变化,作者又分别取了6个(每组3个重复)和8个(每组4个重复)年轻和年老小鼠进行bulk RNA测序和蛋白质组质谱分析(图3a)。作者利用scRNA-seq数据,将每个小鼠所有细胞的表达量求和模拟出一份bulk RNA数据,通过相关性分析观察到真实bulk RNA...