结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异性。后续确定毛细内皮B亚群对于细胞凋亡、迁移和血管生...
4、IL7共表达可提高小鼠7sFv-ε T细胞的体外存活率 为了提高T细胞的存活率和免疫记忆,通过将sFv-ε和IL7与一个2A肽序列融合,构建了小鼠sFv-ε,共表达IL7(图4A)。用各自的逆转录病毒转导C57BL/6小鼠的脾T细胞,生成sFv-ε、7sFv-ε或CAR T细胞。分...
RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、非编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不...
SCENIC是一种普遍适用的分析scRNA-seq数据的方法,利用TF和顺式调控序列来指导细胞状态的发现。文章的结果表明,GRNs是确定细胞状态的可靠方法,并且scRNA-seq数据非常适合跟踪基因调控过程,在基因调控过程中特定组合的TFs驱动细胞特异性的转录组。 最近发表的文章单细胞转录组测序绘制小鼠内皮细胞精细图谱[3]分析研究了转录...
作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱能神经元的多样性。
技术:单细胞核RNA测序(sn-RNA-seq); 平台:10x; 样本:小鼠脊髓(12只,4组,每组3重复); 单细胞核悬液制备方法:以文献(PMID:29466745)方法为基础进行优化,详见原文。(伯豪生物针对单细胞抽核实验现有一款商业化试剂盒在售,若有需求可咨询驻地销售或拨打上海伯豪生物客户服务热线:021-58955370) ...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
发展一套基于RNA-Seq数据的免疫细胞组分预测模型,可以为测序数据提供免疫细胞层面的解读视角,具有非常重要的应用价值。近日,苏州系统医学研究所苏吴爱平教授和秦晓峰教授合作,发布了一个基于转录组测序(RNA-Seq)数据对小鼠组织中10种主要免疫细胞组分进行预测的计算模型(seq-ImmuCC),将为测序数据提供免疫细胞层面的解读...
小鼠模型实验表明,p53的C末端缺失可导致肝内p53凋亡靶点的辐射诱导表达,并伴随细胞死亡增加。全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses ...
日本理化所领导的小鼠功能注释 (FANTOM, Functional Annotation of the Mouse)项目中使用CAGE技术鉴定了1300多个人类和小鼠原代细胞、组织和细胞系的TSSs (转录起始位点),这充分显示了CAGE的强大。在最近的一个方法比较研究中,CAGE也表现最佳。但是作者同时也...