本文将详细探讨小鼠RNA-Seq的实验设计、文库构建策略、测序深度选择以及信息分析流程,旨在通过实例和数据支持,为相关研究人员提供更为全面、深入的指导。 一、实验设计 1. 目标RNA提取策略 小鼠RNA-Seq实验的首要步骤是高效、准确地提取目标RNA。由于细胞中rRNA的丰度远高于mRNA,因此,有效的mRNA富集策略对于后续分析至关...
SCENIC是一种普遍适用的分析scRNA-seq数据的方法,利用TF和顺式调控序列来指导细胞状态的发现。文章的结果表明,GRNs是确定细胞状态的可靠方法,并且scRNA-seq数据非常适合跟踪基因调控过程,在基因调控过程中特定组合的TFs驱动细胞特异性的转录组。 最近发表的文章单细胞转录组测序绘制小鼠内皮细胞精细图谱[3]分析研究了转录...
RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、非编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不...
结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异性。后续确定毛细内皮B亚群对于细胞凋亡、迁移和血管生...
技术:单细胞核RNA测序(sn-RNA-seq); 平台:10x; 样本:小鼠脊髓(12只,4组,每组3重复); 单细胞核悬液制备方法:以文献(PMID:29466745)方法为基础进行优化,详见原文。(伯豪生物针对单细胞抽核实验现有一款商业化试剂盒在售,若有需求可咨询驻地销售或拨打上海伯豪生物客户服务热线:021-58955370) ...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱能神经元的多样性。
该研究构建的sFv-ε T细胞在减少细胞因子释放的同时显示出良好的抗肿瘤效果。RNA-seq分析发现这可能与钙-钙调磷酸酶-NFAT信号通路活性较低有关。此外,研究进一步构建GPC3特异性7sFv-ε T细胞,并在临床前小鼠模型中评估了其抗肿瘤活性,揭示了GPC3特异性7sF...
血脑屏障主要表现为脑内皮细胞的各种生理特性,但这些特性的分子基础尚不完全清楚。在这里,我们使用急性纯化的小鼠内皮细胞和整合的多组学生成成人脑内皮细胞的综合分子图谱。使用RNA测序(RNA-seq)和蛋白质组学,我们鉴定了选择性富集在脑EC中的转录物和蛋白质原,并证明它们是部分相关的。
小鼠模型实验表明,p53的C末端缺失可导致肝内p53凋亡靶点的辐射诱导表达,并伴随细胞死亡增加。全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses ...