新转录本发现是指通过RNA-Seq数据识别出参考基因组中未注释的转录本。这有助于完善基因组的注释信息,并发现新的基因或转录本。 在小鼠基因组学研究中,研究人员通过新转录本发现策略成功识别出了多个未注释的转录本。这些转录本可能代表新的基因或基因的新变体,对于理解小鼠基因组的复杂性和多样性具有重要意义。通过...
本文RNA-seq数据中,对比发现在心脏中db/db小鼠的促进铁死亡的基因HMOX1、MAP2LCB、ACSL1、TRF、CP、NCOA4、SLC39A8和ALOX15随着周龄逐渐上调,而抑制铁死亡的基因SLC7A11逐渐下调,同时4-羟基壬烯醛(4-Hydroxynonenal,4-HNE)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、心脏铁元素和非血红素铁(铁萎缩指标),进一步证实了T2DM小鼠...
3. 联合分析染色质可及性和H3K27ac ChIP-seq数据,揭示了B6和129小鼠之间活性调控区域的差异 为了研究B6和129小鼠在常规饮食与高脂肪饮食条件下肝脏的染色质可及性差异,进行了ATAC-seq(每组N=5-7只小鼠),识别出大量不重叠的无核小体区域(NFRs),这些区域主要位于启动子和非编码基因组区域。结果发现不同品系间存...
4. 小鼠肝脏RNA-Seq和代谢组学 为了深入了解 NKO对肝脂肪变性保护作用的分子过程,对HFD喂养的WT和NKO小鼠进行mRNA-seq测序,分析得到403个下调基因,304个上调基因。脂质代谢通路在NKO肝脏中显富集(图 4A 和 4B)。由于NKO肝脏中TG和FFA沉积减少,重点研究了与脂肪酸和甘油脂代谢相关的基因表达的变化,发现参与脂肪...
大批量短读长RNA-seq可在各种组织或细胞样本中用于高准确性的定量基因表达和替代外显子使用。单细胞RNA测序在揭示细胞类型内基因表达的异质性方面是强而有力的。全长RNA-seq实验流程,如Smart-seq2,也可以检测可变剪接中的异质性。然而,使用短读长测序来组装转录本仍然很困难。 本文的测序数据集为揭示HSC群体中的...
本文进行了来自LG/J(n=16)小鼠和SM/J(n=16)小鼠软骨的软骨细胞的RNA-seq测序,验证了具有代表性的基因表达水平,同时比较了两个品系的不同的SNP。同时还检查了耳廓再生和长软骨的QTL的候选位置的基因表达,这些表达在软骨表达上...
应用RNA-seq技术进行小鼠圆形精子长形精子及成熟精子的转录组学.DOC,精子形成期基因转录本的研究进展 张俊芳 朱化彬 张留光 郝海生 赵学明 秦彤 王栋** (中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 北京 100193) 摘要:减数分裂后,精子细胞经过一系列的变态过程最终发育为成熟精子
最近的基因敲除研究表明,在生长中的小鼠卵母细胞和植入前胚胎中,PABPN1和外泌体亚基外泌体组分(EXOSC10[也称为RRP6])是维持RNA稳态和塑造转录组所必需的。然而,与PABPN1或EXOSC10相比,MTR4参与更广泛的外泌体功能,其作用尚不清楚...
该研究利用SLIM-seq技术绘制出小鼠胚胎母源-合子转换过程中RNA m6A修饰动态图谱,并通过蛋白质组学分析和CRISPR/Cas13d介导基因敲低揭示m6A的读写对于小鼠着床前胚胎发育的影响。中科新生命为研究提供4D-DIA蛋白质组学技术支持。 研究材料 小鼠的MII卵母细胞、晚期1细胞胚胎(L1C)、晚期2细胞胚胎(L2C)...
请注意,两个数据集中的细胞类型比例应该相似:例如,如果Meis在 snRNA-seq 中是一种罕见的细胞类型,那么即使在空间数据中,它也应该是一种罕见的细胞类型。 ad_sc.obs.subclass_label.value_counts() 5 准备映射 Tangram 学习单细胞数据的空间对齐,以便对齐的单细胞数据的基因表达与空间数据的基因表达尽可能相似。