1. 比对到参考基因组 1.1 基因组及其注释文件下载 1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细...
发现参考基因组中未注释的新的转录本和非编码RNA,如长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)等。分析基因表达的调控网络,揭示非编码RNA在调控中的作用。可变剪接和基因结构变异分析:研究基因的可变剪接事件,揭示mRNA的多样性及其对蛋白质功能的影响。检测基因融合事件和基因结构变异(如外显子缺失、插入、倒位...
1.1【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备 这个对新手来说,是一个很大的坑,hg19、GRCH37、 ensembl 75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了,国际通用的人类参考基因组,其实他们储存的是同样的fasta序列,只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位,即NCBI,UCSC及ENSEMBL各自发布的基...
第一部分:将RNA-seq数据映射到参考基因组上 第二部分:将RNA-seq数据映射到参考转录组上,并且生成基因表达矩阵,用于第三部分分析 第三部分:使用DESeq包鉴定差异表达基因(成对), 第四部分:对差异基因进行后续的GO和KEGG注释 1 目标 RNA-Seq 模块的目标是说明如何处理和分析 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因 (DGE...
Hisat2是一种快速灵敏的比对程序,专用于映射下一代测序读数至人类基因组或单个参考基因组,广泛应用于RNA-seq数据。比对数据处理时,我们选择使用Hisat2。进行比对前,需要准备三个文件:基因组序列、基因注释文件(通常为.gtf格式,需用gffread转换)、以及蛋白序列文件。这些文件可以从NCBI、Ensembl、...
RNA-seq分析,选择合适的参考基因组其实也是有学问的。 例如,分析小鼠RNAseq,获取小鼠基因组序列,一般基因组数据库有: UCSC的genome data http://hgdownload.soe./downloads.html#mouse NCBI的Genomes ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ Ensembl ...
目前最常用的,对基因表达量进行相对定量的一个指标,就是「RPKM 值」(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads),翻译成中文就是每一百万条比对到基因组上的 Reads 当中,有多少条是可以比对到某个特定基因,再除以该基因的外显子的长度所...
NGS 提供了全面研究选择性剪接模式的能力。通过将 RNA-seq 读数与参考基因组进行比对,研究人员可以识别剪接点并检测替代剪接事件。这些信息可以对转录亚型进行量化和表征,从而深入了解亚型多样性、组织特异性表达以及选择性剪接的功能影响。 长非编码 RNA (lncRNA) 和小 RNA 分析:NGS 促进了非编码 RNA 的研究,非...
检查半天才发现,hisat2的索引用的是grcm38的(在hisat2官网下载的),定量用的gtf文件是grcm39,版本不一样导致,用hisat2重新对grcm39的参考基因组构建索引后,再重新定量就可以了! 差异分析 我把得到的4个featurecount定量结果直接merge起来,就得到一个矩阵 ...