1.1 基因组及其注释文件下载 1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建 参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考以...
发现参考基因组中未注释的新的转录本和非编码RNA，如长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）等。分析基因表达的调控网络，揭示非编码RNA在调控中的作用。可变剪接和基因结构变异分析：研究基因的可变剪接事件，揭示mRNA的多样性及其对蛋白质功能的影响。检测基因融合事件和基因结构变异（如外显子缺失、插入、倒位...
为了获取表达矩阵,可以将测序数据比对到参考基因组然后通过坐标文件 GTF(GFF 或者 BED)统计每个基因比对上的数据计算丰度,或者直接与参考基因集进行比对,直接计算每个基因覆盖深度的方法。但是两种方法之间有较大的差别: 第一:基因集中不能保证所有基因都是准确的,例如一个基因预测结果不准确,比真实情况过长,那么长度来...
1.1【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备 这个对新手来说,是一个很大的坑,hg19、GRCH37、 ensembl 75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了,国际通用的人类参考基因组,其实他们储存的是同样的fasta序列,只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位,即NCBI,UCSC及ENSEMBL各自发布的基...
标记重复的基因组会用N代替重复区域,而这就给后续的比对带来很大的问题。而dna_sm - Repeats soft-masked (converts repeat nucleotides to lowercase)虽然也标记出了参考基因组,但是以小写的形式存在的,故对比对没有影响。 结论2:选primary版本,不选toplevel。toplevel包含了单倍体型( haplotypes)和patch(补丁?不...
参考基因组及注释文件 FastQc 质控 常用参数 进行质量检测 Trimmomatic 过滤低质量序列 常用参数 过滤低质量序列 hisat2 比对 建立索引 常用参数 进行比对 samtools 排序压缩 常用命令 排序压缩 featureCounts 生成基因计数表 常用参数 计数统计 参考 RNA-seq 概述 RNA-seq 是研究转录组应用最广泛,也是最重要的技术之一...
细菌RNA-seq的参考序列可以是该细菌的基因组序列。 常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 1.已公开的细菌基因组序列数据库:例如NCBI的GenBank数据库或ENA数据库,这些数据库存储了众多细菌的基因组序列,可以从中获取所需的参考序列。 2.自行测序的细菌基因组序列:研究人员可以选择将感兴趣的细菌进行基因组测序,...
Hisat2是一种快速灵敏的比对程序，专用于映射下一代测序读数至人类基因组或单个参考基因组，广泛应用于RNA-seq数据。比对数据处理时，我们选择使用Hisat2。进行比对前，需要准备三个文件：基因组序列、基因注释文件（通常为.gtf格式，需用gffread转换）、以及蛋白序列文件。这些文件可以从NCBI、Ensembl、...
RNA-seq是一种高通量的测序技术,用于研究细胞在特定条件下基因表达的变化情况。通过将细胞中的mRNA转录为cDNA,并进行测序,可以得到准确的基因表达数据。为了准确地定量和比较基因的表达水平,需要将测得的cDNA序列与参考基因组序列进行比对和匹配。 为什么需要细菌RNA-seq参考序列? 细菌RNA-seq参考序列的主要作用是为...