没有底线的检测芯片检测的动态范围比较窄，在转录本丰度很低的情况下，RNA-seq 才是你正确的选择。Tong 及其同事去年用 Illumina RNA-seq 平台和 Affymetrix 芯片，评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。他们发现，在检测丰度较高的基因时，RNA-seq 和芯片的结果基本一致。但在检测表达水平低的基因时，RNA-se...
另外,需要注意的是不同的来源的基因组序列名称不一样,例如1号染色体,在 UCSC 中是 chr1,而在 Ensembl是1 ,因此不管你选择哪个版本,在使用的时候,序列和注释要统一(UCSC的基因组序列需要对应使用UCSC的gtf/gff3注释文件,Ensembl则对应使用其同一版本对应的gtf/gff3注释文件)。 参考资料 Po-Yen Wu, John H. P...
1)组装的染色体序列+线粒体DNA序列,植物还得加上叶绿体DNA序列,整合成基因组参考序列。 有问题来了,RNAseq是整个细胞的RNA,属于无法正确在染色体定位和无法定位到特定染色体的序列的reads就出事故了,要么丢了,要么错误匹配到染色体其它位置了,咋办? 不用着急;首先大家可以看一下,其实我们丢掉的那部分序列相对于我们...
2)所有序列组合在一起组成基因组参考序列,放在一起分析,比较省事,后面根据分析想要那部分结果,自己忽略其它的结果就万事大吉。 好啦,说几句官话。分析时还得根据自己实际情况具体分析,比如mapping qulity的设定,不需要特别高,要知道RNAseq是反转录的数据,不可能没错误的;并且选择基因组参考序列时,要知道你要干嘛?哦...
1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将内存提升为8GB才解决问题。
细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 ...
细菌RNA-seq的参考序列可以是该细菌的基因组序列。 常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 1.已公开的细菌基因组序列数据库:例如NCBI的GenBank数据库或ENA数据库,这些数据库存储了众多细菌的基因组序列,可以从中获取所需的参考序列。 2.自行测序的细菌基因组序列:研究人员可以选择将感兴趣的细菌进行基因组测序,...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
然而参考基因组是一部无字天书,要想解读书中的内容,需要额外的注释信息协助。因此第二步,就是去gencode数据库载基因组注释文件 这里有基因组版本对应信息https://www.gencodegenes.org/releases/19.html Release 19(GTF_GFF3 files).png 下载基因组注释文件 ...
RNA-seq(转录组学)的分析流程和原理 在开始详细讲解RNA测序之前，我们先来了解一下它的基本步骤：1.建库：提取RNA，富集mRNA或消除rRNA，合成cDNA和构建测序文库。2.测序：然后在高通量平台（通常是Illumina）上进行测序（每个样本测序reads在DNA测序中，读数是对应于单个DNA片段的全部或部分的碱基对（或碱基对概率）...