$ wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tar-zxvf chromFa.tar.gz# 解压,得到所有染色体的信息# 将所有的染色体信息整合在一起,重定向写入hg19.fa文件,得到参考基因组$ cat*.fa>hg19.fa# 将多余的染色体信息文件删除,节省空间$ rm-rf chr* 备注:用wget下载速度实...
# 删除单独的基因组序列 rm chr* 3 注释下载 GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注,而GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息 GFF(general feature format):用于基因组注释。 seqid :通常格式染色体ID或是contig I...
1.3 RNA-Seq需要的hisat2的索引文件 可以根据参考基因组构建,但是推荐下载构建好的索引。 http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens QQ截图20220822104616.png ##浏览器下载bdgp6.tar.gz 或者wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/bdgp6.tar.gz (rnaseq) root 10:41:02 /ho...